Në fillim të shekullit të 21-të, Singapori u përball me disa sfida të rëndësishme, veçanërisht me shpërthimin e SARS në 2003 dhe kërcënimin në rritje të terrorizmit.Në vitin 2001, një komplot alarmues që synonte ambasadat dhe infrastrukturën kryesore u pengua, duke çuar në arrestimin e 15 anëtarëve të Jemaah Islamiyah.Ky incident nxiti futjen e masave gjithëpërfshirëse kundër terrorizmit që synojnë zbulimin, parandalimin dhe zbutjen e dëmeve.Njëkohësisht, ekonomia e vendit mbeti relativisht e qëndrueshme, me të ardhurat mesatare mujore të familjes në 2003 të raportuara në 4,870 SGD$.Në vitin 2004, Lee Hsien Loong, djali i madh i Lee Kuan Yew, u ngjit në pozitën e kryeministrit të tretë të Singaporit.Nën udhëheqjen e tij, u propozuan dhe u zbatuan disa politika kombëtare transformuese.Veçanërisht, kohëzgjatja e trajnimit të Shërbimit Kombëtar u shkurtua nga dy vjet e gjysmë në dy në 2005. Qeveria nisi gjithashtu një program "Të shkurtosh burokracinë", duke kërkuar në mënyrë aktive reagimin e qytetarëve për një sërë çështjesh, nga kuadri ligjor deri te shqetësimet shoqërore.Zgjedhjet e përgjithshme të vitit 2006 shënuan një pikë kthese të rëndësishme në peizazhin politik të Singaporit, kryesisht për shkak të ndikimit të paprecedentë të internetit dhe blogjeve, të cilat mbetën të parregulluara nga qeveria.Në një lëvizje strategjike pak përpara zgjedhjeve, qeveria shpërndau një bonus parash "paketë progresi" për të gjithë qytetarët e rritur, në total 2.6 miliardë dollarë SGD.Pavarësisht pjesëmarrjeve të mëdha në mitingjet e opozitës, Partia e Veprimit Popullor (PAP) në pushtet ruajti bastionin e saj, duke siguruar 82 nga 84 vendet dhe duke mbledhur 66% të votave.Marrëdhëniet e Singaporit pas pavarësisë me Malajzinë kanë qenë të ndërlikuara, shpesh të karakterizuara nga mosmarrëveshje, por të theksuara nga mbështetja reciproke.Si anëtarë të ASEAN-it, të dy vendet njohin interesat e tyre të përbashkëta rajonale.Kjo ndërvarësi theksohet më tej nga varësia e Singaporit nga Malajzia për një pjesë të konsiderueshme të furnizimit me ujë.Ndërsa të dy vendet janë përfshirë herë pas here në përleshje verbale për shkak të trajektoreve të tyre të ndryshme pas pavarësisë, ata për fat të mirë kanë shmangur konfliktet ose armiqësitë e rënda.