Në vitin 1965, duke u përballur me tensionet në rritje dhe për të parandaluar konflikte të mëtejshme, kryeministri i Malajzisë Tunku Abdul Rahman propozoi dëbimin e Singaporit nga Malajzia .Ky rekomandim u miratua më pas nga Parlamenti Malajzian më 9 gusht 1965, me një votë unanime në favor të ndarjes së Singaporit.Në të njëjtën ditë, një emocionues Lee Kuan Yew, Kryeministri i Singaporit, shpalli pavarësinë e sapogjetur të qytetit-shtetit.Në kundërshtim me besimin popullor se Singapori u dëbua në mënyrë të njëanshme, dokumentet e fundit zbulojnë se diskutimet midis Partisë së Veprimit Popullor (PAP) të Singaporit dhe Aleancës së Malajzisë kishin vazhduar që nga korriku 1964. Lee Kuan Yew dhe Goh Keng Swee, një udhëheqës i lartë i PAP, orkestruar ndarjen në një mënyrë që e paraqiste atë si një vendim të parevokueshëm për publikun, me qëllim përfitimin politik dhe ekonomik.^[16]Pas ndarjes, Singapori iu nënshtrua ndryshimeve kushtetuese të cilat kaluan qytetin-shtet në Republikën e Singaporit.Yusof Ishak, më parë Yang di-Pertuan Negara ose përfaqësuesi zëvendës-regal, u inaugurua si Presidenti i parë i Singaporit.Ndërsa dollari malaja dhe britaniku i Borneos vazhduan si monedhë ligjore për një periudhë të shkurtër, diskutimet rreth një monedhe të përbashkët midis Singaporit dhe Malajzisë u mbajtën përpara futjes eventuale të dollarit të Singaporit në 1967. ^[17] Në Malajzi, vendet parlamentare të mbajtura më parë nga Singapori u rialokuan në Malaya, gjë që ndryshoi balancën e fuqisë dhe ndikimin e mbajtur nga shtetet e Sabah dhe Sarawak.Vendimi për ndarjen e Singaporit nga Malajzia u prit me reagime të forta, veçanërisht nga udhëheqësit në Sabah dhe Sarawak.Këta liderë shprehën ndjenjat e tradhtisë dhe zhgënjimit për mos konsultimin gjatë procesit të ndarjes. Kryeministri i Sabah, Fuad Stephens, shprehu pikëllimin e thellë në një letër drejtuar Lee Kuan Yew, ndërsa liderë si Ong Kee Hui i Partisë së Bashkuar Popullore në Sarawak u morën në pyetje vetë arsyetimi për ekzistencën e Malajzisë pas ndarjes.Pavarësisht këtyre shqetësimeve, zëvendëskryeministri i Malajzisë Abdul Razak Hussein mbrojti vendimin, duke ia atribuar fshehtësinë dhe urgjencën e lëvizjes konfrontimit të vazhdueshëm Indonezia-Malajzi.^[18]