Në vitin 1988, demokracia u rivendos në Pakistan me zgjedhje të përgjithshme pas vdekjes së Presidentit Zia-ul-Haq.Këto zgjedhje çuan në kthimin e Partisë Popullore të Pakistanit (PPP) në pushtet, me Benazir Bhutto që u bë kryeministrja e parë femër e Pakistanit dhe kryetarja e parë femër e qeverisë në një vend me shumicë myslimane.Kjo periudhë, që zgjati deri në vitin 1999, u karakterizua nga një sistem konkurrues dypartiak, me konservatorët e qendrës së djathtë të udhëhequr nga Nawaz Sharif dhe socialistët e qendrës së majtë nën Benazir Bhutto.Gjatë mandatit të saj, Bhutto e drejtoi Pakistanin në fazat e fundit të Luftës së Ftohtë , duke mbajtur politika pro-perëndimore për shkak të mosbesimit të përbashkët ndaj komunizmit.Qeveria e saj ishte dëshmitare e tërheqjes së trupave sovjetike nga Afganistani .Megjithatë, zbulimi i projektit të bombës atomike të Pakistanit çoi në tensionimin e marrëdhënieve me Shtetet e Bashkuara dhe vendosjen e sanksioneve ekonomike.Qeveria e Bhutto-s gjithashtu u përball me sfida në Afganistan, me një ndërhyrje të dështuar ushtarake që çoi në shkarkimin e drejtorëve të shërbimeve të inteligjencës.Pavarësisht përpjekjeve për të rigjallëruar ekonominë, duke përfshirë Planin e Shtatë Pesëvjeçar, Pakistani përjetoi stagflacion dhe qeveria e Bhutto-s përfundimisht u shkarkua nga presidenti konservator Ghulam Ishaq Khan.