Në vitin 1958, sistemi parlamentar i Pakistanit përfundoi me vendosjen e ligjit ushtarak.Zhgënjimi publik me korrupsionin në burokracinë civile dhe administratën çoi në mbështetje për veprimet e gjeneralit Ayub Khan.^[16] Qeveria ushtarake ndërmori reforma të rëndësishme të tokës dhe zbatoi Urdhrin e skualifikimit të organeve zgjedhore, duke e ndaluar HS Suhrawardy nga postet publike.Khan prezantoi "Demokracinë Themelore", një sistem të ri presidencial ku një kolegj zgjedhor prej 80,000 personash zgjodhi presidentin dhe shpalli kushtetutën e vitit 1962.^[17] Në vitin 1960, Ayub Khan fitoi mbështetjen popullore në një referendum kombëtar, duke kaluar nga një qeveri ushtarake në një qeveri civile kushtetuese.^[16]Zhvillimet e rëndësishme gjatë presidencës së Ayub Khan përfshinin zhvendosjen e infrastrukturës së kryeqytetit nga Karaçi në Islamabad.Kjo epokë, e njohur si "Dekada e Madhe", festohet për zhvillimin e saj ekonomik dhe ndryshimet kulturore, ^[18] duke përfshirë ngritjen e industrisë së muzikës pop, filmit dhe dramës.Ayub Khan rreshtoi Pakistanin me Shtetet e Bashkuara dhe botën perëndimore, duke iu bashkuar Organizatës së Traktatit Qendror (CENTO) dhe Organizatës së Traktatit të Azisë Juglindore (SEATO).Sektori privat u rrit dhe vendi bëri përparime në arsim, zhvillim njerëzor dhe shkencë, duke përfshirë nisjen e një programi hapësinor dhe vazhdimin e programit të energjisë bërthamore.^[18]Megjithatë, incidenti i avionit spiun U2 në vitin 1960 ekspozoi operacionet sekrete të SHBA nga Pakistani, duke rrezikuar sigurinë kombëtare.Në të njëjtin vit, Pakistani nënshkroi Traktatin e Ujrave të Indusit me Indinë për të normalizuar marrëdhëniet.^[19] Marrëdhëniet me Kinën u forcuan, veçanërisht pas Luftës Sino-Indiane, duke çuar në një marrëveshje kufitare në 1963 që ndryshoi dinamikën e Luftës së Ftohtë .Në vitin 1964, Forcat e Armatosura të Pakistanit shtypën një revoltë të dyshuar pro-komuniste në Pakistanin Perëndimor dhe në vitin 1965, Ayub Khan fitoi ngushtë zgjedhjet presidenciale të diskutueshme kundër Fatima Jinnah.