Në vjeshtën e vitit 1496, sulltani turk i kërkoi Gjurgj Crnojeviçit që të vinte menjëherë në Kostandinopojë për të bërë homazhe, ose përndryshe të largohej nga Mali i Zi.Duke e gjetur veten në rrezik, Đurađ vendosi të largohej nën mbrojtjen e venecianëve .Menjëherë pas marrjes në zotërim të tokës, turqit krijuan një vilajet të veçantë të Crnojeviqit në territorin e ish shtetit të Crnojeviqit, i cili ishte pjesë e sanxhakut të Shkodrës dhe regjistrimi i parë i vilajetit të sapokrijuar u krye menjëherë pas themelimit. të qeverisë së re.Pas vendosjes së pushtetit, turqit vendosën taksa dhe detyrime spahiane në të gjithë vendin, si në pjesë të tjera të perandorisë.Pas rënies, të krishterët serbë u ekspozuan ndaj persekutimeve dhe shtypjeve të ndryshme nga muslimanët, duke përfshirë sistemin famëkeq të "haraçit të gjakut", konvertimin e detyruar, pabarazitë e ligjeve të ndryshme të Sheriatit, duke përfshirë punën e detyruar, xhizjen, taksat e ashpra dhe skllavërinë.Gjatë viteve të para të sundimit turk, sanxhakbegët e Shkodrës u përpoqën të konsolidonin sundimin e drejtpërdrejtë turk në vilajetin e Crnojeviqit, por me vështirësi të konsiderueshme për shkak të rivalitetit në rritje turko-venedikas, që çoi në shpërthimin zyrtar të luftës veneciane-turke (1499- 1503) në 1499.U bë e qartë se në mesin e popullatës së pushtuar kishte një dëshirë për të bashkëpunuar me venecianët për t'i çliruar ata nga sundimi turk.Në vitin 1513, për të shtypur ndikimin venedikas dhe për të forcuar autoritetin e tij, sulltani mori një vendim për ndarjen e ish-vilajetit të Crnojeviqit nga përbërja e sanxhakut të Shkodrës, pas së cilës u krijua një sanxhak i veçantë i Malit të Zi në atë zonë.Sanxhakbeu i parë (dhe i vetëm) u emërua Skënder Crnojeviq, vëllai më i vogël i zotit të fundit Zeta Gjurgj Crnojeviq.