Gjatë Luftës së Bosnjës 1991–1995 dhe Luftës Kroate, Mali i Zi mori pjesë me forcat e tij policore dhe ushtarake në sulmet ndaj Dubrovnikut, Kroacisë dhe qyteteve boshnjake së bashku me trupat serbe, akte agresive që synonin marrjen e më shumë territoreve me forcë, të karakterizuara nga një model konsistent i shkelje të rënda dhe sistematike të të drejtave të njeriut.Gjenerali malazez Pavle Strugar që atëherë është dënuar për pjesëmarrjen e tij në bombardimin e Dubrovnikut.Refugjatët boshnjakë u arrestuan nga policia malazeze dhe u transportuan në kampet serbe në Foça, ku iu nënshtruan torturave sistematike dhe u ekzekutuan.Në maj të vitit 1992, Kombet e Bashkuara vendosën një embargo ndaj RFJ-së: kjo ndikoi në shumë aspekte të jetës në vend.Për shkak të vendndodhjes së tij të favorshme gjeografike (qasja në detin Adriatik dhe një lidhje ujore me Shqipërinë përmes Liqenit të Shkodrës) Mali i Zi u bë një qendër për aktivitetin e kontrabandës.I gjithë prodhimi industrial malazez ishte ndalur dhe aktiviteti kryesor ekonomik i republikës u bë kontrabanda e mallrave të përdorimit – veçanërisht ato me mungesë si benzina dhe cigaret, që të dyja u rritën në çmim.U bë një praktikë e legalizuar de facto dhe vazhdoi me vite.Në rastin më të mirë, qeveria malazeze mbylli sytë ndaj veprimtarisë ilegale, por më së shumti mori pjesë aktive në të.Kontrabanda bëri milionerë nga të gjitha llojet e individëve të dyshimtë, duke përfshirë zyrtarë të lartë të qeverisë.Milo Gjukanoviç vazhdon të përballet me veprime në gjykata të ndryshme italiane për rolin e tij në kontrabandën e përhapur gjatë viteve 1990 dhe në sigurimin e strehës së sigurt në Mal të Zi për figura të ndryshme të mafies italiane, të cilët dyshohet se kanë marrë pjesë gjithashtu në zinxhirin e shpërndarjes së kontrabandës.