Sulltani i ri krijoi një kryeqytet të ri buzë lumit Johor dhe, prej andej, vazhdoi të ngacmonte portugezët në veri.Ai punoi vazhdimisht së bashku me vëllain e tij në Perak dhe Sulltanin e Pahang për të rimarrë Malacca, e cila deri në atë kohë mbrohej nga fortesa A Famosa.Në pjesën veriore të Sumatrës rreth të njëjtës periudhë, Sulltanati i Aceh-it kishte filluar të fitonte ndikim të konsiderueshëm mbi ngushticat e Malacca-s.Me rënien e Malacca-s në duart e krishtera, tregtarët myslimanë shpesh anashkaluan Malacca-n në favor të Aceh-it ose gjithashtu të kryeqytetit të Johor-it Johor Lama (Kota Batu).Prandaj, Malacca dhe Aceh u bënë konkurrentë të drejtpërdrejtë.Me portugezët dhe Johorin që mbyllnin shpesh brirët, Aceh ndërmori bastisje të shumta kundër të dyja palëve për të forcuar kontrollin e tij mbi ngushticat.Ngritja dhe zgjerimi i Aceh inkurajoi portugezët dhe Johorin të nënshkruanin një armëpushim dhe të largonin vëmendjen e tyre në Aceh.Armëpushimi, megjithatë, ishte jetëshkurtër dhe me Aceh të dobësuar rëndë, Johor dhe portugez kishin përsëri njëri-tjetrin në vështrimin e tyre.Gjatë sundimit të Sulltan Iskandar Muda, Aceh sulmoi Johorin në 1613 dhe përsëri në 1615. ^[54]