Gjatë okupimit, tensionet etnike u ngritën dhe nacionalizmi u rrit.^[82] Britania ishte e falimentuar dhe qeveria e re laburiste ishte e prirur të tërhiqte forcat e saj nga Lindja.Por shumica e malajzëve ishin më të shqetësuar për të mbrojtur veten kundër MCP-së sesa për të kërkuar pavarësinë nga britanikët.Në vitin 1944, britanikët hartuan plane për një Union Malajan, i cili do t'i kthente Shtetet Federale dhe të Pafederuara Malajze, plus Penang dhe Malacca (por jo Singapori ), në një koloni të vetme të kurorës, me synimin drejt pavarësisë.Kjo lëvizje, që synonte drejt pavarësisë eventuale, u ndesh me rezistencë të konsiderueshme nga malajzët, kryesisht për shkak të propozimit të shtetësisë së barabartë për kinezët etnikë dhe pakicat e tjera.Britanikët i perceptuan këto grupe si më besnike gjatë luftës sesa Malajzët.Ky kundërshtim çoi në shpërbërjen e Unionit Malajas në vitin 1948, duke i lënë vendin Federatës së Malajas, e cila ruante autonominë e sundimtarëve të shtetit malajaz nën mbrojtjen britanike.Paralelisht me këto ndryshime politike, Partia Komuniste e Malajas (MCP), e mbështetur kryesisht nga kinezët etnikë, po fitonte vrull.MCP, fillimisht një parti legale, ishte zhvendosur drejt luftës guerile me aspiratat për të dëbuar britanikët nga Malaya.Deri në korrik 1948, qeveria britanike shpalli një gjendje të jashtëzakonshme, duke bërë që MCP të tërhiqej në xhungël dhe të formonte Ushtrinë Çlirimtare të Popullit Malajan.Shkaqet rrënjësore të këtij konflikti varionin nga ndryshimet kushtetuese që margjinalizuan kinezët etnikë deri te zhvendosja e fshatarëve për zhvillimin e plantacioneve.Megjithatë, MCP-ja fitoi mbështetje minimale nga fuqitë komuniste globale.Emergjenca Malajane, që zgjati nga viti 1948 deri në vitin 1960, pa që britanikët të përdornin taktika moderne kundër kryengritjes, të organizuara nga Gjeneral-Gjeneral Sir Gerald Templer, kundër MCP.Ndërsa konflikti pa pjesën e tij të mizorive, siç ishte masakra e Batang Kali, strategjia britanike për të izoluar MCP nga baza e saj mbështetëse, së bashku me lëshimet ekonomike dhe politike, i dobësoi gradualisht kryengritësit.Nga mesi i viteve 1950, batica ishte kthyer kundër MCP-së, duke krijuar skenën për pavarësinë e Federatës brenda Komonuelthit më 31 gusht 1957, me Tunku Abdul Rahman si kryeministër të saj inaugurues.