Sulltani i fundit i dinastisë Malaccan, Sulltan Mahmud Shah II, ishte i njohur për sjelljen e tij të çrregullt, e cila mbeti kryesisht e pakontrolluar pas vdekjes së Bendehara Habib dhe emërimit të mëvonshëm të Bendahara Abdul Xhelil.Kjo sjellje arriti kulmin kur Sulltani urdhëroi ekzekutimin e gruas shtatzënë të një fisniku për një shkelje të vogël.Si hakmarrje, Sulltani u vra nga fisniku i dëmtuar, duke e lënë fronin bosh në 1699. Orang Kayas, këshilltarë të sulltanit, iu drejtuan Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong nga Muar, i cili sugjeroi që Bendahara Abdul Jalil të trashëgonte fronin.Megjithatë, pasardhja u prit me pakënaqësi, veçanërisht nga Orang Laut.Gjatë kësaj periudhe paqëndrueshmërie, dy grupe dominuese në Johor - Bugis dhe Minangkabau - panë një mundësi për të zotëruar pushtetin.Minangkabau prezantoi Raja Kecilin, një princ që pretendonte se ishte djali pas vdekjes i Sulltan Mahmud II.Me premtimin e pasurisë dhe fuqisë, Bugis fillimisht mbështetën Raja Kecilin.Megjithatë, Raja Kecil i tradhtoi ata dhe u kurorëzua Sulltan i Johorit pa pëlqimin e tyre, duke bërë që sulltani i mëparshëm Abdul Xhelil IV të ikte dhe përfundimisht të vritej.Në hakmarrje, Bugis bashkuan forcat me Raja Sulaiman, djalin e Sulltan Abdul Jalil IV, duke çuar në rrëzimin e Raja Kecilit nga froni në 1722. Ndërsa Raja Sulaiman u ngjit si Sulltan, ai u ndikua shumë nga Bugis, të cilët, në fakt, qeverisnin Johorin.Gjatë gjithë mbretërimit të Sulltan Sulaiman Badrul Alam Shahut në mesin e shekullit të 18-të, Bugis ushtroi kontroll të rëndësishëm mbi administratën e Johor.Ndikimi i tyre u rrit aq thelbësor sa që nga viti 1760, familje të ndryshme Bugis ishin martuar në linjën mbretërore Johor, duke konsoliduar më tej dominimin e tyre.Nën udhëheqjen e tyre, Johor përjetoi rritje ekonomike, e përforcuar nga integrimi i tregtarëve kinezë.Megjithatë, nga fundi i shekullit të 18-të, Engkau Muda i fraksionit Temenggong filloi të rimarrë pushtetin, duke hedhur themelet për prosperitetin e ardhshëm të sulltanatit nën drejtimin e Temenggong Abdul Rahman dhe pasardhësve të tij.