Në fund të shekullit të 11-të, dinastia Khwarazmian mori kontrollin mbi Irakun.Kjo periudhë e sundimit laik turk dhe kalifatit abasid përfundoi me pushtimet mongole në shekullin e 13-të.^[51] Mongolët, të udhëhequr nga Genghis Khan, kishin pushtuar Khwarezmian deri në vitin 1221. Megjithatë, Iraku përjetoi një pushim të përkohshëm për shkak të vdekjes së Genghis Khan në 1227 dhe luftimeve të mëvonshme për pushtet brenda Perandorisë Mongole.Möngke Khan, nga viti 1251, rindizte ekspansionin mongol dhe kur kalifi al-Mustasim refuzoi kërkesat mongole, Bagdadi u përball me një rrethim të udhëhequr nga Hulagu Khan në 1258.Rrethimi i Bagdadit, një ngjarje vendimtare në pushtimet mongole, zgjati 13 ditë nga 29 janari deri më 10 shkurt 1258. Forcat mongole të Ilkhanate , së bashku me aleatët e tyre, rrethuan, pushtuan dhe në fund pushtuan Bagdadin, kryeqytetin e Kalifatit Abasid në atë kohë .Ky rrethim rezultoi në masakrën e shumicës së banorëve të qytetit, që mund të arrinte në qindra mijëra.Shkalla e shkatërrimit të bibliotekave të qytetit dhe përmbajtjes së tyre të vlefshme mbetet një temë debati mes historianëve.Forcat mongole ekzekutuan Al-Musta'sim dhe shkaktuan shpopullim dhe shkatërrim të rëndë në Bagdad.Ky rrethim shënoi në mënyrë simbolike fundin e Epokës së Artë Islame, një periudhë gjatë së cilës kalifët kishin shtrirë dominimin e tyre nga Gadishulli Iberik në Sindh.