Presidenca e Akbar Hashemi Rafsanjanit, e cila filloi më 16 gusht 1989, u karakterizua nga një fokus në liberalizimin ekonomik dhe një shtytje drejt privatizimit, në kontrast me qasjen më të kontrolluar nga shteti të administratave të mëparshme në Republikën Islamike të Iranit.E përshkruar si "ekonomikisht liberale, politikisht autoritare dhe filozofikisht tradicionale", administrata e Rafsanjanit u përball me kundërshtimin e elementëve radikalë brenda Mexhles (parlamenti iranian).^[114]Gjatë mandatit të tij, Rafsanjani ishte i rëndësishëm në rindërtimin e Iranit të pasluftës pas Luftës Iran-Irak.^[115] Administrata e tij u përpoq të frenonte fuqitë e ultra-konservatorëve, por këto përpjekje ishin kryesisht të pasuksesshme pasi Garda Revolucionare iraniane fitoi më shumë pushtet nën drejtimin e Khameneit.Rafsanjani u përball me akuza për korrupsion si nga fraksionet konservatore ^[116] dhe ato reformiste, ^[117] dhe presidenca e tij ishte e njohur për goditje të ashpra ndaj disidencës.^[118]Pas luftës, qeveria e Rafsanjanit u fokusua në zhvillimin kombëtar.Plani i parë i zhvillimit të Republikës Islamike të Iranit u hartua nën administrimin e tij, me qëllim modernizimin e mbrojtjes, infrastrukturës, kulturës dhe ekonomisë së Iranit.Plani synonte të plotësonte nevojat bazë, të reformonte modelet e konsumit dhe të përmirësonte menaxhimin administrativ dhe gjyqësor.Qeveria e Rafsanjanit u shqua për prioritizimin e zhvillimit të infrastrukturës industriale dhe të transportit.Brenda vendit, Rafsanjani mbrojti një ekonomi të tregut të lirë, duke ndjekur liberalizimin ekonomik me arkën e shtetit të mbështetur nga të ardhurat nga nafta.Ai synonte të integronte Iranin në ekonominë globale, duke mbrojtur politikat e rregullimit strukturor të frymëzuara nga Banka Botërore.Kjo qasje kërkonte një ekonomi moderne të bazuar në industri, në kontrast me politikat e pasardhësit të tij, Mahmoud Ahmadinejad, i cili favorizonte rishpërndarjen ekonomike dhe një qëndrim të ashpër kundër ndërhyrjes perëndimore.Rafsanjani inkurajoi bashkëpunimin midis universiteteve dhe industrive, duke theksuar nevojën për t'u përshtatur me peizazhin global që ndryshon me shpejtësi.Ai inicioi projekte si Universiteti Islamik Azad, duke sinjalizuar një përkushtim ndaj arsimit dhe zhvillimit.^[119]Në mandatin e Rafsanjanit u ekzekutuan gjithashtu grupe të ndryshme nga sistemi gjyqësor i Iranit, duke përfshirë disidentë politikë, komunistë, kurdë, Bahá'í, madje edhe disa klerikë islamikë.Ai mori një qëndrim veçanërisht të ashpër kundër Organizatës së Muxhahedinëve të Popullit të Iranit, duke mbrojtur dënime të ashpra në përputhje me ligjin islamik.^[120] Rafsanjani punoi ngushtë me Khamenein për të siguruar stabilitetin qeveritar pas vdekjes së Khomeinit.Në çështjet e jashtme, Rafsanjani punoi për të përmirësuar marrëdhëniet me shtetet arabe dhe për të zgjeruar lidhjet me vendet në Azinë Qendrore dhe Kaukaz.Megjithatë, marrëdhëniet me vendet perëndimore, veçanërisht me SHBA-në, mbetën të tensionuara.Qeveria e Rafsanjanit ofroi ndihmë humanitare gjatë Luftës së Gjirit Persik dhe shprehu mbështetje për iniciativat e paqes në Lindjen e Mesme.Ai gjithashtu luajti një rol të rëndësishëm në mbështetjen e programit bërthamor të Iranit, duke siguruar se përdorimi i teknologjisë bërthamore nga Irani ishte paqësor.^[121]