Kryqtarët filluan të largoheshin nga Kostandinopoja në fund të prillit 1097. Godfrey i Bouillon ishte i pari që mbërriti në Nikea, me Bohemondin e Tarantos, nipin e Bohemond Tancred, Raymond IV të Toulouse dhe Robert II i Flanders që e ndiqnin, së bashku me Peter the Hermit dhe disa nga të mbijetuarit e Kryqëzatës Popullore, dhe një forcë e vogël
bizantine nën Manuel Boutoumites.Ata arritën më 6 maj, me mungesë të madhe ushqimi, por Bohemond organizoi që ushqimi të sillte nga toka dhe nga deti.Ata e vunë qytetin në rrethim duke filluar nga 14 maji, duke caktuar forcat e tyre në pjesë të ndryshme të mureve, i cili mbrohej mirë me 200 kulla.Bohemond fushoi në anën veriore të qytetit, Godfrey në jug dhe Raymond dhe Adhemar e Le Puy në portën lindore.Më 16 maj, mbrojtësit turq u hodhën për të sulmuar kryqtarët, por
turqit u mundën në një përleshje me humbjen e 200 burrave.Turqit i dërguan mesazhe Kilij Arslanit duke e lutur që të kthehej dhe kur e kuptoi forcën e kryqtarëve u kthye shpejt prapa.Një grup përpara u mund nga trupat nën Raymond dhe Robert II të Flanders më 20 maj, dhe më 21 maj ushtria kryqtare mundi Kilij në një betejë të ashpër e cila zgjati gjatë natës.Humbjet ishin të rënda nga të dyja palët, por në fund sulltani u tërhoq me gjithë lutjet e turqve të Nikias.Pjesa tjetër e kryqtarëve mbërritën gjatë pjesës së mbetur të majit, me Robert Curthose dhe Stephen nga Blois që mbërritën në fillim të qershorit.Ndërkohë, Raymond dhe Adhemar ndërtuan një motor të madh rrethimi, i cili u rrotullua deri në Kullën e Gonatas në mënyrë që të angazhonte mbrojtësit në mure ndërsa minatorët minonin kullën nga poshtë.Kulla u dëmtua, por nuk u bë përparim i mëtejshëm.Perandori bizantin Alexios I zgjodhi të mos shoqëronte kryqtarët, por doli pas tyre dhe bëri kampin e tij në Pelecanum aty pranë.Prej andej, ai dërgoi varka, të rrotulluara mbi tokë, për të ndihmuar kryqtarët të bllokonin liqenin Ascanius, i cili deri në këtë pikë ishte përdorur nga turqit për të furnizuar Nikenë me ushqime.Varkat mbërritën më 17 qershor, nën komandën e Manuel Boutoumites.U dërgua edhe gjenerali Tatikios me 2000 këmbësorë.Alexios i kishte udhëzuar Boutumitët që të negocionin fshehurazi dorëzimin e qytetit pa dijeninë e kryqtarëve.Tatikios u udhëzua të bashkohej me kryqtarët dhe të bënte një sulm të drejtpërdrejtë mbi muret, ndërsa Boutumitët do të pretendonin të bënin të njëjtën gjë për ta bërë të dukej sikur bizantinët e kishin pushtuar qytetin në betejë.Kjo u bë dhe më 19 qershor turqit iu dorëzuan Boutumitëve.Kur kryqtarët zbuluan se çfarë kishte bërë Alexios, ata u zemëruan shumë, pasi kishin shpresuar të plaçkisnin qytetin për para dhe furnizime.Boutoumites, megjithatë, u quajt dux i Nikesë dhe i ndaloi kryqtarët të hynin në grupe më të mëdha se 10 burra në të njëjtën kohë.Boutumitët dëbuan edhe gjeneralët turq, të cilët ai i konsideronte po aq të pabesueshëm.Familja e Kilij Arslanit shkoi në Kostandinopojë dhe përfundimisht u lirua pa shpërblim.Alexios u dha kryqtarëve para, kuaj dhe dhurata të tjera, por kryqtarët nuk ishin të kënaqur me këtë, duke besuar se mund të kishin pasur edhe më shumë nëse do të kishin pushtuar vetë Nikean.Boutumitët nuk do t'i lejonin ata të largoheshin derisa të gjithë të betoheshin si vasalë ndaj Aleksit, nëse nuk do ta kishin bërë ende këtë në Kostandinopojë.Siç kishte bërë në Konstandinopojë, Tancred në fillim refuzoi, por përfundimisht u dorëzua.Kryqtarët u larguan nga Nikea më 26 qershor në dy kontigjente: Bohemond, Tancred, Robert II i Flanders dhe Tatikios në pararojë, dhe Godfrey, Baldwin i Boulogne, Stephen dhe Hugh i Vermandois në pjesën e pasme.Tatikios u udhëzua të siguronte kthimin e qyteteve të pushtuara në perandori.Shpirti i tyre ishte i lartë dhe Stefani i shkroi gruas së tij Adelës se prisnin të ishin në Jerusalem pas pesë javësh.