Administrata e Kenedit vazhdoi të kërkonte mënyra për të rrëzuar Kastron pas pushtimit të Gjirit të Derrave, duke eksperimentuar me mënyra të ndryshme për të lehtësuar në mënyrë të fshehtë përmbysjen e qeverisë kubane.Shpresa të rëndësishme u mbështetën në programin e sulmeve terroriste dhe operacione të tjera destabilizuese të njohura si Operacioni Mongoose, i krijuar nën administratën e Kenedit në vitin 1961. Hrushovi mësoi për projektin në shkurt 1962 dhe në përgjigje u ndërmorën përgatitjet për instalimin e raketave bërthamore sovjetike në Kubë.I alarmuar, Kennedy shqyrtoi reagime të ndryshme.Ai përfundimisht iu përgjigj instalimit të raketave bërthamore në Kubë me një bllokadë detare dhe i paraqiti një ultimatum Bashkimit Sovjetik .Hrushovi u tërhoq nga një konfrontim dhe Bashkimi Sovjetik hoqi raketat në këmbim të një premtimi publik amerikan për të mos pushtuar përsëri Kubën, si dhe një marrëveshje të fshehtë për të hequr raketat amerikane nga Turqia.Kastro më vonë pranoi se "Unë do të kisha rënë dakord për përdorimin e armëve bërthamore... ne e morëm si të mirëqenë se do të bëhej një luftë bërthamore gjithsesi dhe se do të zhdukeshim."Kriza Kubane e Raketave (tetor-nëntor 1962) e solli botën më afër luftës bërthamore se kurrë më parë.Pasojat e krizës çuan në përpjekjet e para në garën e armëve bërthamore për çarmatimin bërthamor dhe përmirësimin e marrëdhënieve, megjithëse marrëveshja e parë e kontrollit të armëve të Luftës së Ftohtë, Traktati i Antarktidës, kishte hyrë në fuqi në vitin 1961.Në vitin 1964, kolegët e Hrushovit në Kremlin arritën ta largonin atë, por i lejuan një pension paqësor.I akuzuar për vrazhdësi dhe paaftësi, John Lewis Gaddis argumenton se Hrushovit iu besua gjithashtu shkatërrimi i bujqësisë sovjetike, duke e çuar botën në prag të luftës bërthamore dhe se Hrushovi ishte bërë një 'turp ndërkombëtar' kur autorizoi ndërtimin e Murit të Berlinit.