Nikefori ra në konflikt me perandorin Michael në vitin 1078, kur ai iu lut perandorit të trajtonte situatën e përkeqësuar në Anadollin Bizantin, duke fyer Mikaelin me sinqeritetin e tij.Për të mbrojtur veten, Nikefori mblodhi një ushtri me trupa vendase dhe mercenarë turq dhe e shpalli veten perandor në korrik ose tetor 1077. Nikefori mblodhi një bazë të fortë mbështetëse për shkak të mprehtësisë së tij ushtarake dhe famës familjare dhe më vonë u njoh nga Senati Bizantin më 7 Janar 1078, pas së cilës ai mori fronin me ndihmën e qytetarëve të Kostandinopojës.Si perandor, Nikephoros u përball me revolta të shumta, duke përfshirë ato të Nikephoros Bryennios, Nikephoros Basilakes dhe Constantine Doukas, si dhe një tentativë për vrasje nga Garda Varangiane .Nikefori përqafoi zbukurimet e një perandori, duke kryer shumë akte për të rritur legjitimitetin dhe mbështetjen e tij, të tilla si shpenzimi i shumave të mëdha për donacione për ushtrinë dhe mbështetësit e tij, falja e të gjitha borxheve të prapambetura dhe krijimi i reformave të vogla ligjore.Diplomatikisht, Nikefori siguroi nënshtrimin e Theodore Gabras dhe Filaretos Brachamios, guvernatorë përkatësisht të Trebizondit dhe Antiokisë, të cilët de facto ishin bërë të pavarur nga Perandoria Bizantine për shkak të inkursioneve të vazhdueshme të selxhukëve në Anadollin Bizantin.