Крестоносцы начали покидать Константинополь в конце апреля 1097 года. Первым в Никею прибыл Готфрид Бульонский, за ним последовали Боэмонд Таранто, племянник Боэмона Танкред, Раймонд IV Тулузский и Роберт II Фландрский, а также Петр I. Отшельник и некоторые из выживших в Народном крестовом походе, а также небольшой
византийский отряд под командованием Мануэля Бутумита.Они прибыли 6 мая, испытывая острую нехватку еды, но Боэмонд организовал доставку еды по суше и по морю.Они начали осаду города с 14 мая, направив свои силы на разные участки стены, которая была хорошо защищена 200 башнями.Боэмонд расположился лагерем на северной стороне города, Годфри — на юге, а Раймонд и Адемар из Ле-Пюи — у восточных ворот.16 мая турецкие защитники выступили против крестоносцев, но
турки потерпели поражение в стычке, потеряв 200 человек.Турки отправили Кылыдж-Арслану сообщения с просьбой вернуться, и когда он осознал силу крестоносцев, он быстро повернул назад.Передовой отряд потерпел поражение от войск под командованием Раймонда и Роберта II Фландрии 20 мая, а 21 мая армия крестоносцев разгромила Килидж в генеральном сражении, которое длилось до поздней ночи.Потери были тяжелыми с обеих сторон, но в конце концов султан отступил, несмотря на мольбы никейских турок.Остальные крестоносцы прибыли в течение остальной части мая, а Роберт Куртоз и Стефан Блуа прибыли в начале июня.Тем временем Раймонд и Адемар построили большую осадную машину, которую подкатили к башне Гонатаса, чтобы атаковать защитников на стенах, пока шахтеры минировали башню снизу.Башня была повреждена, но дальнейшего продвижения не произошло.Византийский император Алексиос I решил не сопровождать крестоносцев, а выступил позади них и разбил лагерь в соседнем Пелекане.Оттуда он послал лодки, катившиеся по суше, чтобы помочь крестоносцам блокировать озеро Асканий, которое до этого момента использовалось турками для снабжения Никеи продовольствием.Лодки прибыли 17 июня под командованием Мануэля Бутумитеса.Также был отправлен генерал Татикиос с 2000 пехотинцами.Алексиос поручил Бутумитам тайно договориться о сдаче города без ведома крестоносцев.Татикию было приказано присоединиться к крестоносцам и совершить прямой штурм стен, в то время как Бутумиты притворятся, что сделают то же самое, чтобы создать впечатление, будто византийцы захватили город в бою.Это было сделано, и 19 июня турки сдались бутумовцам.Когда крестоносцы узнали, что сделал Алексиос, они очень разозлились, так как надеялись разграбить город за деньги и припасы.Однако Бутумиты были названы герцогом Никеи и запрещали крестоносцам входить группами более 10 человек за раз.Бутумит также изгнал турецких генералов, которых он считал столь же ненадежными.Семья Кылыдж-Арслана отправилась в Константинополь и в конце концов была освобождена без выкупа.Алексиос дал крестоносцам деньги, лошадей и другие подарки, но крестоносцам это не понравилось, полагая, что они могли бы иметь еще больше, если бы сами захватили Никею.Бутумиты не позволили бы им уйти, пока все они не принесут присягу вассалитета Алексиосу, если они еще не сделали этого в Константинополе.Как и в Константинополе, Танкред сначала отказался, но в конце концов сдался.Крестоносцы покинули Никею 26 июня двумя отрядами: Боэмонд, Танкред, Роберт II Фландрский и Татикиос в авангарде, а Годфри, Болдуин Булонский, Стефан и Хью Вермандуа в тылу.Татикиосу было поручено обеспечить возвращение захваченных городов империи.Их настроение было приподнятым, и Стефан написал своей жене Аделе, что они ожидают быть в Иерусалиме через пять недель.