Na początku XXI wieku Singapur stanął przed kilkoma znaczącymi wyzwaniami, w szczególności epidemią SARS w 2003 r. i rosnącym zagrożeniem terroryzmem.W 2001 r. udaremniono alarmujący spisek wymierzony w ambasady i kluczową infrastrukturę, co doprowadziło do aresztowania 15 członków Jemaah Islamiyah.Incydent ten stał się bodźcem do wprowadzenia kompleksowych środków antyterrorystycznych mających na celu wykrywanie, zapobieganie i łagodzenie szkód.Jednocześnie gospodarka kraju pozostawała stosunkowo stabilna, a średni miesięczny dochód gospodarstwa domowego w 2003 r. wyniósł 4870 dolarów SGD.W 2004 roku Lee Hsien Loong, najstarszy syn Lee Kuan Yewa, objął stanowisko trzeciego premiera Singapuru.Pod jego kierownictwem zaproponowano i wdrożono kilka transformacyjnych polityk krajowych.Warto zauważyć, że w 2005 r. czas trwania szkolenia w służbie krajowej został skrócony z dwóch i pół roku do dwóch lat. Rząd zainicjował także program „Ograniczanie biurokracji”, aktywnie poszukując opinii obywateli na temat szeregu kwestii, od ram prawnych po obawy społeczne.Wybory powszechne w 2006 r. stanowiły znaczący punkt zwrotny w krajobrazie politycznym Singapuru, przede wszystkim ze względu na bezprecedensowy wpływ Internetu i blogów, które pozostały nieuregulowane przez rząd.W ramach strategicznego posunięcia tuż przed wyborami rząd przyznał wszystkim dorosłym obywatelom premię pieniężną w postaci „pakietu postępu” o łącznej wartości 2,6 miliarda dolarów SGD.Pomimo dużej frekwencji na wiecach opozycji rządząca Partia Akcji Ludowej (PAP) zachowała swoją pozycję, zdobywając 82 z 84 mandatów i zdobywając 66% głosów.Stosunki Singapuru z Malezją po uzyskaniu niepodległości były skomplikowane i często charakteryzowały się nieporozumieniami, które jednak podkreślały wzajemne zaufanie.Jako członkowie ASEAN oba narody uznają swoje wspólne interesy regionalne.Tę współzależność dodatkowo podkreśla zależność Singapuru od Malezji w zakresie znacznej części zaopatrzenia w wodę.Chociaż oba kraje od czasu do czasu angażowały się w słowne sparingi ze względu na rozbieżne trajektorie po odzyskaniu niepodległości, na szczęście unikały poważnych konfliktów i działań wojennych.