W 1965 roku, w obliczu rosnących napięć i aby zapobiec dalszemu konfliktowi, premier Malezji Tunku Abdul Rahman zaproponował wydalenie Singapuru z Malezji .Zalecenie to zostało następnie zatwierdzone przez parlament Malezji w dniu 9 sierpnia 1965 r., jednomyślnym głosowaniem za separacją Singapuru.Tego samego dnia pełen emocji premier Singapuru Lee Kuan Yew ogłosił nowo uzyskaną niepodległość miasta-państwa.Wbrew powszechnemu przekonaniu, że Singapur został jednostronnie wydalony, najnowsze dokumenty ujawniają, że dyskusje między Partią Akcji Ludowej (PAP) Singapuru a Sojuszem Malezji trwają od lipca 1964 r. Lee Kuan Yew i Goh Keng Swee, starszy przywódca PAP, zaaranżowali separację w sposób przedstawiający ją w oczach opinii publicznej jako decyzję nieodwołalną, mającą na celu osiągnięcie korzyści zarówno politycznych, jak i gospodarczych.^[16]Po separacji Singapur przeszedł zmiany w konstytucji, które przekształciły państwo-miasto w Republikę Singapuru.Yusof Ishak, poprzednio Yang di-Pertuan Negara, czyli przedstawiciel wicekróla, został zainaugurowany jako pierwszy prezydent Singapuru.Podczas gdy dolar malajski i brytyjski dolar Borneo przez krótki okres pozostawały legalną walutą, dyskusje na temat wspólnej waluty pomiędzy Singapurem a Malezją toczyły się przed ostatecznym wprowadzeniem dolara singapurskiego w 1967 r. ^[17] W Malezji mandaty parlamentarne zajmowały wcześniej przez Singapur zostały przeniesione na Malaje, co zmieniło równowagę sił i wpływów stanów Sabah i Sarawak.Decyzja o oddzieleniu Singapuru od Malezji spotkała się z ostrymi reakcjami, szczególnie ze strony przywódców w Sabah i Sarawak.Przywódcy ci wyrazili poczucie zdrady i frustracji z powodu braku konsultacji podczas procesu separacji. Główny minister Sabah, Fuad Stephens, wyraził głęboki smutek w liście do Lee Kuan Yew, podczas gdy przywódcy tacy jak Ong Kee Hui ze Zjednoczonej Partii Ludowej Sarawak przesłuchiwali samo uzasadnienie istnienia Malezji po separacji.Pomimo tych obaw wicepremier Malezji Abdul Razak Hussein bronił tej decyzji, przypisując tajność i pilność posunięcia trwającej konfrontacji Indonezja-Malezja.^[18]