Za prezydentury Perveza Musharrafa w latach 1999–2007 po raz pierwszy siły liberalne sprawowały znaczącą władzę w Pakistanie.Wprowadzono inicjatywy na rzecz liberalizacji gospodarczej, prywatyzacji i wolności mediów, a kontrolę nad gospodarką przejął dyrektor Citibanku, Shaukat Aziz.Rząd Musharrafa udzielił amnestii pracownikom politycznym partii liberalnych, spychając na bok konserwatystów i lewicowców.Musharraf znacznie rozszerzył media prywatne, chcąc przeciwdziałać wpływom kulturowym Indii.Sąd Najwyższy nakazał wybory powszechne do października 2002 r., a Musharraf poparł inwazję Stanów Zjednoczonych na Afganistan w 2001 r. Napięcia z Indiami w sprawie Kaszmiru doprowadziły w 2002 r. do konfliktu zbrojnego.Referendum Musharrafa w 2002 r., uznane za kontrowersyjne, przedłużyło jego kadencję prezydencką.W wyborach powszechnych w 2002 r. liberałowie i centryści zdobyli większość, tworząc rząd przy wsparciu Musharrafa.17. poprawka do konstytucji Pakistanu z mocą wsteczną legitymizowała działania Musharrafa i przedłużyła jego prezydenturę.Shaukat Aziz został premierem w 2004 roku, koncentrując się na wzroście gospodarczym, ale napotykając sprzeciw wobec reform społecznych.Musharraf i Aziz przeżyli kilka zamachów powiązanych z Al-Kaidą.Na arenie międzynarodowej zarzuty dotyczące rozprzestrzeniania broni jądrowej nadszarpnęły ich wiarygodność.Wyzwania wewnętrzne obejmowały konflikty na obszarach plemiennych i rozejm z talibami w 2006 r., chociaż nadal występowała przemoc na tle religijnym.