Podczas wojny w Bośni i Chorwacji w latach 1991–1995 Czarnogóra uczestniczyła wraz ze swoją policją i siłami zbrojnymi w atakach na Dubrownik, Chorwację i bośniackie miasta wraz z wojskami serbskimi; rażące i systematyczne naruszenia praw człowieka.Czarnogórski generał Pavle Strugar został skazany za udział w zamachu bombowym na Dubrownik.Bośniaccy uchodźcy zostali aresztowani przez czarnogórską policję i przewiezieni do serbskich obozów w Foča, gdzie byli poddawani systematycznym torturom i rozstrzeliwani.W maju 1992 r. Organizacja Narodów Zjednoczonych nałożyła embargo na FRJ, co wpłynęło na wiele aspektów życia w kraju.Ze względu na swoje korzystne położenie geograficzne (dostęp do Morza Adriatyckiego i połączenie wodne z Albanią przez Jezioro Szkoderskie) Czarnogóra stała się ośrodkiem przemytu.Cała produkcja przemysłowa Czarnogóry została wstrzymana, a główną działalnością gospodarczą republiki stał się przemyt towarów użytkowych – zwłaszcza tych, których brakowało, takich jak benzyna i papierosy, których ceny gwałtownie wzrosły.Stało się to de facto zalegalizowaną praktyką i trwało latami.Władze Czarnogóry w najlepszym przypadku przymykały oczy na nielegalną działalność, ale przede wszystkim brały w niej czynny udział.Przemyt uczynił milionerów z wszelkiego rodzaju podejrzanych osób, w tym wyższych urzędników państwowych.Milo Đukanović w dalszym ciągu toczy się przed różnymi włoskimi sądami w związku z jego rolą w powszechnym przemycie w latach 90. oraz w zapewnianiu bezpiecznego schronienia w Czarnogórze różnym działaczom włoskiej mafii, którzy również rzekomo brali udział w łańcuchu dystrybucji przemytu.