Nowy sułtan założył nową stolicę nad rzeką Johor i stamtąd nadal nękał Portugalczyków na północy.Konsekwentnie współpracował ze swoim bratem w Perak i sułtanem Pahang, aby odzyskać Malakkę, która do tego czasu była chroniona przez fort A Famosa.Mniej więcej w tym samym okresie w północnej części Sumatry Sułtanat Aceh zaczął zdobywać znaczny wpływ na Cieśninę Malakka.Wraz z wpadnięciem Malakki w ręce chrześcijan muzułmańscy kupcy często pomijali Malakkę na rzecz Acehu lub także stolicy Johor, Johor Lamy (Kota Batu).Dlatego Malakka i Aceh stały się bezpośrednimi konkurentami.Ponieważ Portugalczycy i Johor często sprzymierzali się ze sobą, Aceh przeprowadził wiele nalotów na obie strony, aby zacieśnić uścisk nad cieśniną.Powstanie i ekspansja Acehu zachęciły Portugalczyków i Johora do podpisania rozejmu i skierowania swojej uwagi na Aceh.Rozejm był jednak krótkotrwały i gdy Aceh został poważnie osłabiony, Johor i Portugalczycy ponownie mieli się na celowniku.Za rządów sułtana Iskandara Mudy Aceh zaatakował Johor w 1613 i ponownie w 1615. ^[54]