Wraz z upadkiem portugalskiej Malakki w 1641 r. i upadkiem Acehu w wyniku rosnącej potęgi Holendrów, Johor zaczął odbudowywać swoją pozycję potęgi wzdłuż Cieśniny Malakka za panowania sułtana Abdula Jalila Shaha III (1623–1677). ).^[55] Jego wpływy rozciągały się na Pahang, Sungei Ujong, Malakkę, Klang i archipelag Riau.^[56] Podczas wojny trójstronnej Jambi wyłoniło się także jako regionalna potęga gospodarcza i polityczna na Sumatrze.Początkowo była próba sojuszu między Johorem i Jambim z obiecanym małżeństwem między spadkobiercą Rają Mudą a córką Pengerana z Jambi.Jednak zamiast tego Raja Muda poślubił córkę Laksamany Abdula Jamila, który zaniepokojony osłabieniem władzy w wyniku takiego sojuszu zaproponował zamiast tego własną córkę za małżeństwo.^[57] W związku z tym sojusz się rozpadł i wybuchła 13-letnia wojna między Johorem a państwem sumatrzańskim, która rozpoczęła się w 1666 r. Wojna była katastrofalna dla Johora, ponieważ stolica Johor, Batu Sawar, została splądrowana przez Jambi w 1673 r. Sułtan uciekł do Pahang i zmarł cztery lata później.Jego następca, sułtan Ibrahim (1677–1685), zaangażował następnie Bugisów w walkę o pokonanie Jambi.^[56] Johor ostatecznie zwyciężył w 1679 r., ale zakończył się także osłabioną pozycją, ponieważ Bugis odmówili powrotu do domu, a Minangkabau z Sumatry również zaczęli umacniać swoje wpływy.^[57]