Ostatni sułtan dynastii Malakków, sułtan Mahmud Shah II, był znany ze swojego nieobliczalnego zachowania, które w dużej mierze pozostało bez kontroli po śmierci Bendehary Habiba i późniejszej mianowaniu Bendahary Abdula Jalila.Kulminacją takiego zachowania było nakazanie przez sułtana egzekucji ciężarnej żony szlachcica za drobne wykroczenie.W odwecie sułtan został zabity przez pokrzywdzonego szlachcica, pozostawiając tron ​​pusty w 1699 r. Orang Kayas, doradcy sułtana, zwrócili się do Sa Akara DiRaja, Raja Temenggong z Muar, który zasugerował, aby tron ​​odziedziczyć Bendahara Abdul Jalil.Jednak sukcesja spotkała się z pewnym niezadowoleniem, szczególnie ze strony Orang Laut.W tym okresie niestabilności dwie dominujące grupy w Johor — Bugi i Minangkabau — dostrzegły szansę na przejęcie władzy.Minangkabau przedstawił Raję Kecila, księcia podającego się za pośmiertnego syna sułtana Mahmuda II.Obietnicą bogactwa i władzy Bugis początkowo wspierali Raję Kecila.Jednak Raja Kecil zdradził ich i koronował się na sułtana Johor bez ich zgody, co spowodowało ucieczkę poprzedniego sułtana Abdula Jalila IV i ostatecznie został zamordowany.W odwecie Bugis połączyli siły z Rają Sulaimanem, synem sułtana Abdula Jalila IV, co doprowadziło do detronizacji Raja Kecila w 1722 r. Kiedy Raja Sulaiman został sułtanem, znalazł się pod silnym wpływem Bugis, który w efekcie rządził Johorem.Przez całe panowanie sułtana Sulaimana Badrula Alama Shaha w połowie XVIII wieku Bugis sprawowali znaczącą kontrolę nad administracją Johora.Ich wpływ stał się tak znaczący, że do 1760 roku różne rodziny Bugis zawierały małżeństwa mieszane z królewską linią Johor, jeszcze bardziej umacniając swoją dominację.Pod ich przywództwem Johor doświadczył wzrostu gospodarczego, wzmocnionego integracją chińskich handlowców.Jednak pod koniec XVIII wieku Engkau Muda z frakcji Temenggong zaczął odzyskiwać władzę, kładąc podwaliny pod przyszły dobrobyt sułtanatu pod przewodnictwem Temenggonga Abdula Rahmana i jego potomków.