Po długim okresie bezpiecznych rządów rzymskich, od lat 320-tych Panonia ponownie toczyła częste wojny z ludami wschodniogermańskimi i sarmackimi na północy i wschodzie.Zarówno Wandalowie, jak i Goci przemaszerowali przez prowincję, powodując ogromne zniszczenia.^[6] Po podziale Cesarstwa Rzymskiego Panonia pozostawała pod panowaniem Cesarstwa Zachodniorzymskiego, choć dystrykt Sirmium znajdował się właściwie bardziej w strefie wpływów Wschodu.Gdy łacińska ludność prowincji uciekała przed ciągłymi najazdami barbarzyńców ^[7] , nad brzegiem Dunaju zaczęły pojawiać się grupy Hunów.W 375 roku n.e. koczowniczy Hunowie rozpoczęli najazdy na Europę ze wschodnich stepów, rozpoczynając Wielki Wiek Migracji.W 380 roku Hunowie przeniknęli na tereny dzisiejszych Węgier i pozostali ważnym czynnikiem w regionie aż do V wieku.Prowincje panońskie ucierpiały w okresie wędrówek ludów począwszy od 379 r., osadnictwo sprzymierzeńca Goth-Alan-Hun powodowało powtarzające się poważne kryzysy i zniszczenia, współcześni określali je jako stan oblężenia, Panonia stała się korytarzem najazdowym zarówno na północy, jak i w południe.Ucieczka i emigracja Rzymian rozpoczęła się po dwóch ciężkich dekadach w 401 r., co również spowodowało recesję w życiu świeckim i kościelnym.Kontrola Hunów stopniowo rozszerzała się na Panonię od 410 r., Ostatecznie Cesarstwo Rzymskie ratyfikowało cesję Panonii traktatem w 433 r. Ucieczka i emigracja Rzymian z Panonii trwała nieprzerwanie aż do inwazji Awarów.Hunowie, korzystając z odejścia Gotów, Kwadów i innych, stworzyli w 423 roku znaczące imperium z siedzibą na Węgrzech.W 453 roku osiągnęli szczyt ekspansji pod rządami znanego zdobywcy, Huna Attyli.Imperium upadło w 455 roku, kiedy Hunowie zostali pokonani przez sąsiednie plemiona germańskie (takie jak Kwadowie, Gepidi i Sciri).