Administracja Kennedy'ego nadal szukała sposobów na usunięcie Castro po inwazji w Zatoce Świń, eksperymentując z różnymi sposobami potajemnego ułatwienia obalenia kubańskiego rządu.Spore nadzieje wiązano z programem ataków terrorystycznych i innych operacji destabilizacyjnych, znanym jako Operacja Mangusta, opracowanym za czasów administracji Kennedy'ego w 1961 roku. Chruszczow dowiedział się o projekcie w lutym 1962 roku iw odpowiedzi podjęto przygotowania do zainstalowania na Kubie sowieckich rakiet nuklearnych.Zaniepokojony Kennedy rozważał różne reakcje.Ostatecznie odpowiedział na instalację rakiet nuklearnych na Kubie blokadą morską i przedstawił Związkowi Radzieckiemu ultimatum.Chruszczow wycofał się z konfrontacji, a Związek Radziecki usunął pociski w zamian za publiczne amerykańskie zobowiązanie do niepodejmowania ponownej inwazji na Kubę, a także tajne porozumienie o usunięciu amerykańskich pocisków z Turcji.Castro przyznał później, że „Zgodziłbym się na użycie broni nuklearnej.… przyjęliśmy za pewnik, że i tak stanie się to wojną nuklearną i że znikniemy”.Kryzys kubański (październik-listopad 1962) zbliżył świat do wojny nuklearnej bardziej niż kiedykolwiek wcześniej.Następstwa kryzysu doprowadziły do ​​pierwszych wysiłków w wyścigu zbrojeń nuklearnych na rzecz rozbrojenia nuklearnego i poprawy stosunków, chociaż pierwsza umowa o kontroli zbrojeń z okresu zimnej wojny, Traktat Antarktyczny, weszła w życie w 1961 r.W 1964 r. kremlowskim kolegom Chruszczowa udało się go obalić, ale pozwolili mu spokojnie przejść na emeryturę.Oskarżony o chamstwo i niekompetencję, John Lewis Gaddis twierdzi, że Chruszczowowi przypisywano również zrujnowanie sowieckiego rolnictwa, doprowadzenie świata na skraj wojny nuklearnej oraz że Chruszczow stał się „międzynarodowym wstydem”, kiedy zezwolił na budowę muru berlińskiego.