ਨੈਪੋਲੀਅਨ ਬੋਨਾਪਾਰਟ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਵਿੱਚ ਓਟੋਮੈਨ ਪੋਰਟੇ ਦਾ ਸਮਰਥਨ ਕਰਨ ਅਤੇਮਾਮਲੁਕਸ ਨੂੰ ਦਬਾਉਣ ਲਈ ਮਿਸਰ ਵੱਲ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਮੁਹਿੰਮ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ।ਅਲੈਗਜ਼ੈਂਡਰੀਆ ਵਿੱਚ ਬੋਨਾਪਾਰਟ ਦੀ ਘੋਸ਼ਣਾ ਵਿੱਚ ਮਾਮਲੁਕਸ ਦੇ ਇਹਨਾਂ ਗੁਣਾਂ ਦੀ ਕਮੀ ਦੇ ਉਲਟ, ਬਰਾਬਰੀ, ਯੋਗਤਾ ਅਤੇ ਇਸਲਾਮ ਲਈ ਸਤਿਕਾਰ 'ਤੇ ਜ਼ੋਰ ਦਿੱਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।ਉਸਨੇ ਪ੍ਰਸ਼ਾਸਨਿਕ ਅਹੁਦਿਆਂ ਲਈ ਸਾਰੇ ਮਿਸਰੀ ਲੋਕਾਂ ਤੱਕ ਖੁੱਲ੍ਹੀ ਪਹੁੰਚ ਦਾ ਵਾਅਦਾ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਇਸਲਾਮ ਪ੍ਰਤੀ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਪਾਲਣਾ ਦਾ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਕਰਨ ਲਈ ਪੋਪ ਦੇ ਅਧਿਕਾਰ ਨੂੰ ਖਤਮ ਕਰਨ ਦਾ ਸੁਝਾਅ ਦਿੱਤਾ।^[102]ਹਾਲਾਂਕਿ, ਮਿਸਰੀ ਫ੍ਰੈਂਚ ਇਰਾਦਿਆਂ ਬਾਰੇ ਸ਼ੱਕੀ ਸਨ।ਐਮਬਾਬੇਹ (ਪਿਰਾਮਿਡਾਂ ਦੀ ਲੜਾਈ) ਦੀ ਲੜਾਈ ਵਿੱਚ ਫਰਾਂਸ ਦੀ ਜਿੱਤ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਜਿੱਥੇ ਮੁਰਾਦ ਬੇ ਅਤੇ ਇਬਰਾਹਿਮ ਬੇ ਦੀਆਂ ਫੌਜਾਂ ਨੂੰ ਹਰਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਕਾਇਰੋ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਿਊਂਸਪਲ ਕੌਂਸਲ ਬਣਾਈ ਗਈ ਸੀ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸ਼ੇਖ, ਮਾਮਲੁਕਸ ਅਤੇ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਮੈਂਬਰ ਸ਼ਾਮਲ ਸਨ, ਮੁੱਖ ਤੌਰ 'ਤੇ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਫ਼ਰਮਾਨਾਂ ਨੂੰ ਲਾਗੂ ਕਰਨ ਲਈ ਸੇਵਾ ਕਰਦੇ ਸਨ।^[102]ਨੀਲ ਦੀ ਲੜਾਈ ਵਿਚ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਬੇੜੇ ਦੀ ਹਾਰ ਅਤੇ ਉਪਰਲੇ ਮਿਸਰ ਵਿਚ ਅਸਫਲਤਾ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਅਜਿੱਤਤਾ 'ਤੇ ਸਵਾਲ ਉਠਾਏ ਗਏ ਸਨ।ਹਾਊਸ ਟੈਕਸ ਦੀ ਸ਼ੁਰੂਆਤ ਨਾਲ ਤਣਾਅ ਵਧ ਗਿਆ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਅਕਤੂਬਰ 1798 ਵਿਚ ਕਾਇਰੋ ਵਿਚ ਬਗਾਵਤ ਹੋ ਗਈ। ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਜਨਰਲ ਡੁਪੂਈ ਮਾਰਿਆ ਗਿਆ, ਪਰ ਬੋਨਾਪਾਰਟ ਅਤੇ ਜਨਰਲ ਕਲੇਬਰ ਨੇ ਜਲਦੀ ਹੀ ਵਿਦਰੋਹ ਨੂੰ ਦਬਾ ਦਿੱਤਾ।ਅਲ-ਅਜ਼ਹਰ ਮਸਜਿਦ ਦੀ ਇੱਕ ਸਥਿਰ ਵਜੋਂ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਵਰਤੋਂ ਡੂੰਘੇ ਅਪਰਾਧ ਦਾ ਕਾਰਨ ਬਣੀ।^[102]1799 ਵਿੱਚ ਬੋਨਾਪਾਰਟ ਦੀ ਸੀਰੀਆਈ ਮੁਹਿੰਮ ਨੇ ਮਿਸਰ ਵਿੱਚ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਨਿਯੰਤਰਣ ਨੂੰ ਅਸਥਾਈ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕਮਜ਼ੋਰ ਕਰ ਦਿੱਤਾ।ਵਾਪਸ ਆਉਣ 'ਤੇ, ਉਸਨੇ ਮੁਰਾਦ ਬੇ ਅਤੇ ਇਬਰਾਹਿਮ ਬੇ ਦੇ ਸਾਂਝੇ ਹਮਲੇ ਨੂੰ ਹਰਾਇਆ, ਅਤੇ ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਅਬੂਕਿਰ ਵਿਖੇ ਇੱਕ ਤੁਰਕੀ ਫੌਜ ਨੂੰ ਕੁਚਲ ਦਿੱਤਾ।ਬੋਨਾਪਾਰਟ ਨੇ ਫਿਰ ਮਿਸਰ ਛੱਡ ਦਿੱਤਾ, ਕਲੇਬਰ ਨੂੰ ਆਪਣਾ ਉੱਤਰਾਧਿਕਾਰੀ ਨਿਯੁਕਤ ਕੀਤਾ।^[102] ਕਲੇਬਰ ਨੂੰ ਇੱਕ ਨਾਜ਼ੁਕ ਸਥਿਤੀ ਦਾ ਸਾਹਮਣਾ ਕਰਨਾ ਪਿਆ।ਬ੍ਰਿਟਿਸ਼ ਦੁਆਰਾ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਨਿਕਾਸੀ ਲਈ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਸਮਝੌਤਿਆਂ ਨੂੰ ਰੋਕ ਦਿੱਤੇ ਜਾਣ ਤੋਂ ਬਾਅਦ, ਕਾਇਰੋ ਨੇ ਦੰਗਿਆਂ ਦਾ ਅਨੁਭਵ ਕੀਤਾ, ਜਿਸ ਨੂੰ ਕਲੇਬਰ ਨੇ ਦਬਾ ਦਿੱਤਾ।ਉਸਨੇ ਮੁਰਾਦ ਬੇ ਨਾਲ ਗੱਲਬਾਤ ਕੀਤੀ, ਉਸਨੂੰ ਉੱਪਰੀ ਮਿਸਰ ਦਾ ਕੰਟਰੋਲ ਦਿੱਤਾ, ਪਰ ਜੂਨ 1800 ਵਿੱਚ ਕਲੇਬਰ ਦੀ ਹੱਤਿਆ ਕਰ ਦਿੱਤੀ ਗਈ ^{[। 102]}ਜਨਰਲ ਜੈਕ-ਫ੍ਰਾਂਕੋਇਸ ਮੇਨੂ ਨੇ ਕਲੈਬਰ ਦੀ ਥਾਂ ਲੈ ਲਈ, ਮੁਸਲਮਾਨਾਂ ਦਾ ਪੱਖ ਜਿੱਤਣ ਦੀ ਕੋਸ਼ਿਸ਼ ਕੀਤੀ ਪਰ ਇੱਕ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਸੁਰੱਖਿਆ ਦਾ ਐਲਾਨ ਕਰਕੇ ਮਿਸਰੀਆਂ ਨੂੰ ਦੂਰ ਕਰ ਦਿੱਤਾ।1801 ਵਿਚ, ਅੰਗਰੇਜ਼ੀ ਅਤੇ ਤੁਰਕੀ ਦੀਆਂ ਫ਼ੌਜਾਂ ਅਬੂ ਕਿਰ ਵਿਖੇ ਉਤਰੀਆਂ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਹਾਰਾਂ ਹੋਈਆਂ।ਜਨਰਲ ਬੇਲੀਅਰਡ ਨੇ ਮਈ ਵਿੱਚ ਕਾਇਰੋ ਨੂੰ ਸਮਰਪਣ ਕਰ ਦਿੱਤਾ, ਅਤੇ ਮੇਨੂ ਨੇ ਅਗਸਤ ਵਿੱਚ ਅਲੈਗਜ਼ੈਂਡਰੀਆ ਵਿੱਚ ਫ੍ਰੈਂਚ ਕਬਜ਼ੇ ਨੂੰ ਖਤਮ ਕਰ ਦਿੱਤਾ।^[102] ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਕਬਜ਼ੇ ਦੀ ਸਥਾਈ ਵਿਰਾਸਤ "ਡਿਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਡੀ ਐਲ' ਇਜਿਪਟ" ਸੀ, ਜੋ ਕਿ ਫਰਾਂਸੀਸੀ ਵਿਦਵਾਨਾਂ ਦੁਆਰਾ ਮਿਸਰ ਦਾ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਅਧਿਐਨ ਸੀ, ਜਿਸ ਨੇ ਮਿਸਰ ਵਿਗਿਆਨ ਦੇ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਇਆ।^[102]