Borgerkrigen mellom Lê-Trịnh og Mạc-dynastiene tok slutt i 1592, da hæren til Trịnh Tùng erobret Hanoi og henrettet kong Mạc Mậu Hợp.Overlevende fra kongefamilien Mạc flyktet til de nordlige fjellene i provinsen Cao Bằng og fortsatte å herske der til 1677 da Trịnh Tạc erobret dette siste Mạc-territoriet.Lê-monarkene, helt siden Nguyễn Kims restaurering, fungerte bare som galionsfigurer.Etter Mạc-dynastiets fall tilhørte all reell makt i nord Trịnh-herrene.I mellomtiden bestemte Ming-domstolen motvillig en militær intervensjon i den vietnamesiske borgerkrigen, men Mạc Đăng Dung tilbød rituell underkastelse til Ming-imperiet , som ble akseptert.I år 1600 erklærte Nguyễn Hoàng seg selv som Herre (offisielt "Vương") og nektet å sende mer penger eller soldater for å hjelpe Trịnh.Han flyttet også hovedstaden sin til Phú Xuân, dagens Huế.Trịnh Tráng etterfulgte Trịnh Tùng, sin far, ved hans død i 1623. Tráng beordret Nguyễn Phúc Nguyên til å underkaste seg hans autoritet.Bestillingen ble avvist to ganger.I 1627 sendte Trịnh Tráng 150 000 tropper sørover i en mislykket militærkampanje.Trịnh var mye sterkere, med en større befolkning, økonomi og hær, men de klarte ikke å beseire Nguyễn, som hadde bygget to defensive steinmurer og investert i portugisisk artilleri.Trịnh–Nguyễn-krigen varte fra 1627 til 1672. Trịnh-hæren gjennomførte minst syv offensiver, som alle ikke klarte å fange Phú Xuân.En tid, fra 1651, gikk Nguyễn selv til offensiven og angrep deler av Trịnh-territoriet.Imidlertid tvang Trịnh, under en ny leder, Trịnh Tạc, Nguyễn tilbake innen 1655. Etter en siste offensiv i 1672, gikk Trịnh Tạc med på en våpenhvile med Nguyễn Lord Nguyễn Phúc Tần.Landet ble faktisk delt i to.Trịnh–Nguyễn-krigen ga europeiske handelsmenn muligheten til å støtte hver side med våpen og teknologi: Portugiserne hjalp Nguyễn i sør mens nederlenderne hjalp Trịnh i nord.Trịnh og Nguyễn opprettholdt en relativ fred i de neste hundre årene, hvor begge sider gjorde betydelige prestasjoner.Trịnh opprettet sentraliserte regjeringskontorer med ansvar for statsbudsjett og produksjon av valuta, forenet vektenhetene til et desimalsystem, etablerte trykkerier for å redusere behovet for å importere trykt materiale fra Kina, åpnet et militærakademi og kompilerte historiebøker.I mellomtiden fortsatte Nguyễn-herrene utvidelsen sørover ved å erobre det gjenværende Cham-landet.Việt-bosettere ankom også det tynt befolkede området kjent som "Water Chenla", som var den nedre Mekong-deltaet av det tidligere Khmer-riket .Mellom midten av 1600-tallet og midten av 1700-tallet, da det tidligere Khmer-riket ble svekket av interne stridigheter og siamesiske invasjoner, brukte Nguyễn-herrene forskjellige midler, politisk ekteskap, diplomatisk press, politiske og militære tjenester, for å få området rundt nåtiden. -dag Saigon og Mekong-deltaet.Nguyễn-hæren kolliderte til tider også med den siamesiske hæren for å etablere innflytelse over det tidligere Khmer-imperiet.