Mellom 1258 og 1291 møtte regionen uro som grensen mellom mongolske inntrengere , noen ganger alliert med korsfarere , ogmamelukkene iEgypt .Denne konflikten førte til betydelig befolkningsreduksjon og økonomisk motgang.Mamelukkene var for det meste av tyrkisk opprinnelse, og ble kjøpt som barn og deretter trent i krigføring.De var høyt verdsatte krigere, som ga herskere uavhengighet av det innfødte aristokratiet.I Egypt tok de kontroll over kongeriket etter en mislykket invasjon av korsfarerne (syvende korstog).Mamelukkene tok kontroll i Egypt og utvidet sitt styre til Palestina.Den første Mamluk-sultanen, Qutuz, beseiret mongolene i slaget ved Ain Jalut, men ble myrdet av Baibars, som etterfulgte ham og eliminerte de fleste korsfarernes utposter.Mamelukkene styrte Palestina til 1516, og anså det som en del av Syria.I Hebron møtte jøder restriksjoner ved patriarkhulen, et betydelig sted i jødedommen, en begrensning som vedvarte frem til seksdagerskrigen.^[146]Al-Ashraf Khalil, en mamelukker-sultan, fanget den siste korsfarerfestningen i 1291. Mamelukkene fortsatte med ayyubidpolitikken og ødela kystregioner fra Tyrus til Gaza strategisk for å forhindre potensielle korsfarerangrep.Denne ødeleggelsen førte til langvarig avfolking og økonomisk nedgang i disse områdene.^[147]Det jødiske samfunnet i Palestina så foryngelse med tilstrømningen av sefardiske jøder etter deres utvisning fraSpania i 1492 og forfølgelse i Portugal i 1497. Under Mamluk og senere ottomansk styre bosatte disse sefardiske jødene seg hovedsakelig i urbane områder som Safed og Jerusalem, i kontrast til de for det meste landlige Musta'arbi jødiske samfunn.^[148]