I 1241–1242 led kongeriket et stort slag i kjølvannet av den mongolske invasjonen av Europa.Etter at Ungarn ble invadert av mongolene i 1241, ble den ungarske hæren beseiret katastrofalt i slaget ved Mohi.Kong Béla IV flyktet fra slagmarken og deretter landet etter at mongolene forfulgte ham til sine grenser.Før mongolene trakk seg tilbake, døde en stor del av befolkningen (20-50 %).^[22] På slettene ble mellom 50 og 80 % av bosetningene ødelagt.^[23] Bare slott, sterkt befestede byer og klostre kunne motstå angrepet, siden mongolene ikke hadde tid til lange beleiringer – målet deres var å flytte vestover så snart som mulig.Beleiringsmotorene og dekinesiske og persiske ingeniørene som drev dem for mongolene hadde blitt etterlatt i de erobrede landene i Kyivan Rus.^[24] Ødeleggelsene forårsaket av de mongolske invasjonene førte senere til invitasjonen av nybyggere fra andre deler av Europa, spesielt fra Tyskland.Under mongolenes kampanje mot Kievan Rus ble rundt 40 000 Cumans , medlemmer av en nomadisk stamme av hedenske Kipchaks, drevet vest for Karpatene.^[25] Der appellerte Cumans til kong Béla IV om beskyttelse.^[26] Det iranske jassiske folket kom til Ungarn sammen med cumanene etter at de ble beseiret av mongolene.Cumans utgjorde kanskje opptil 7–8% av befolkningen i Ungarn i andre halvdel av 1200-tallet.^[27] Gjennom århundrene ble de fullstendig assimilert i den ungarske befolkningen, og språket deres forsvant, men de bevarte sin identitet og sin regionale autonomi frem til 1876. ^[28]Som en konsekvens av de mongolske invasjonene beordret kong Béla bygging av hundrevis av steinslott og festningsverk for å hjelpe til med å forsvare seg mot en mulig andre mongolske invasjon.Mongolene returnerte faktisk til Ungarn i 1286, men de nybygde steinslottsystemene og nye militære taktikker som involverte en høyere andel tungt bevæpnede riddere stoppet dem.Den invaderende mongolske styrken ble beseiret nær Pest av den kongelige hæren til kong Ladislaus IV.Senere invasjoner ble også avvist på en praktisk måte.Slottene bygget av Béla IV viste seg å være svært nyttige på et senere tidspunkt i den lange kampen mot det osmanske riket .Kostnadene ved å bygge dem ga imidlertid den ungarske kongen gjeld til de store føydale godseierne, slik at kongemakten som ble gjenvunnet av Béla IV etter at faren Andrew II ble betydelig svekket, ble igjen spredt blant den mindre adelen.