Den franske ekspedisjonen til Egypt , tilsynelatende for å støtte den osmanske porten og undertrykkemamelukkene , ble ledet av Napoleon Bonaparte.Bonapartes proklamasjon i Alexandria la vekt på likhet, fortjeneste og respekt for islam, i kontrast til mamelukkenes antatte mangel på disse egenskapene.Han lovet åpen tilgang til alle egyptere for administrative stillinger og foreslo styrt av pavelig autoritet for å demonstrere fransk tilslutning til islam.^[102]Egypterne var imidlertid skeptiske til franske intensjoner.Etter den franske seieren i slaget ved Embabeh (Slaget ved pyramidene), der Murad Bey og Ibrahim Beys styrker ble beseiret, ble det dannet et kommunestyre i Kairo inkludert sjeiker, mamelukker og franske medlemmer, som hovedsakelig tjente til å håndheve franske dekreter.^[102]Fransk uovervinnelighet ble stilt spørsmål ved etter deres flåtes nederlag i slaget ved Nilen og fiasko i Øvre Egypt.Spenningen eskalerte med innføringen av en husskatt, noe som førte til et opprør i Kairo i oktober 1798. Den franske generalen Dupuy ble drept, men Bonaparte og general Kléber undertrykte raskt opprøret.Den franske bruken av Al-Azhar-moskeen som stall forårsaket dyp krenkelse.^[102]Bonapartes syriske ekspedisjon i 1799 svekket midlertidig fransk kontroll i Egypt.Da han kom tilbake, beseiret han et felles angrep av Murad Bey og Ibrahim Bey, og knuste senere en tyrkisk hær ved Aboukir.Bonaparte forlot deretter Egypt og utnevnte Kléber til sin etterfølger.^[102] Kléber sto overfor en prekær situasjon.Etter at innledende avtaler om fransk evakuering ble blokkert av britene, opplevde Kairo opptøyer, som Kléber undertrykte.Han forhandlet med Murad Bey, og ga ham kontroll over Øvre Egypt, men Kléber ble myrdet i juni 1800. ^[102]General Jacques-Francois Menou etterfulgte Kléber, og forsøkte å vinne muslimsk gunst, men fremmedgjorde egypterne ved å erklære et fransk protektorat.I 1801 landet engelske og tyrkiske styrker ved Abu Qir, noe som førte til franske nederlag.General Belliard overga Kairo i mai, og Menou kapitulerte i Alexandria i august, og avsluttet den franske okkupasjonen.^[102] Den varige arven etter den franske okkupasjonen var "Description de l'Egypte", en detaljert studie av Egypt av franske forskere, som bidro betydelig til egyptologifeltet.^[102]