Orders voor de
tweede invasie kwamen in de eerste maanmaand van 1281. Er werden twee vloten voorbereid, een strijdmacht van 900 schepen in Korea en 3.500 schepen in Zuid-China met een gecombineerde strijdmacht van 142.000 soldaten en matrozen.Op 15 augustus trof een grote tyfoon, in het Japans bekend als kamikaze, de voor anker liggende vloot vanuit het westen en verwoestte deze.Toen ze de naderende tyfoon voelden, trokken Koreaanse en Zuid-Chinese zeelieden zich terug en legden tevergeefs aan in Imari Bay, waar ze werden vernietigd door de storm.Duizenden soldaten werden achtergelaten op stukken hout of spoelden aan.De Japanse verdedigers doodden al degenen die ze vonden, behalve de Zuid-Chinezen, van wie ze dachten dat ze gedwongen waren om mee te doen aan de aanval op Japan.Volgens een Koreaanse bron keerden er van de 26.989 Koreanen die met de vloot van de Oostelijke Route vertrokken, er 7.592 niet terug.Chinese en Mongoolse bronnen spreken van 60 tot 90 procent slachtoffers.Korea, dat de leiding had over de scheepsbouw voor de invasie, verloor ook zijn vermogen om schepen te bouwen en zijn vermogen om de zee te verdedigen, aangezien een grote hoeveelheid hout werd gekapt.Later, gebruikmakend van de situatie, begon het aantal Japanners dat zich bij de wokou voegde toe te nemen, en de aanvallen op de kusten van China en Korea werden heviger.