In 1965, geconfronteerd met escalerende spanningen en om verdere conflicten te voorkomen, stelde de premier van Maleisië, Tunku Abdul Rahman, voor om Singapore uit Maleisië te verdrijven.Deze aanbeveling werd vervolgens op 9 augustus 1965 door het Maleisische parlement goedgekeurd, met eenparigheid van stemmen vóór de scheiding van Singapore.Op dezelfde dag kondigde een emotionele Lee Kuan Yew, de premier van Singapore, de hernieuwde onafhankelijkheid van de stadstaat aan.In tegenstelling tot wat vaak wordt gedacht dat Singapore eenzijdig werd verdreven, blijkt uit recente documenten dat er sinds juli 1964 discussies gaande waren tussen de People's Action Party (PAP) van Singapore en de Maleisische Alliantie. Lee Kuan Yew en Goh Keng Swee, een senior PAP-leider, orkestreerden de scheiding op een manier die het als een onherroepelijk besluit aan het publiek presenteerde, met als doel zowel politiek als economisch voordeel te behalen.^[16]Na de scheiding onderging Singapore grondwetswijzigingen waardoor de stadstaat overging in de Republiek Singapore.Yusof Ishak, voorheen de Yang di-Pertuan Negara of vice-koninklijke vertegenwoordiger, werd ingehuldigd als de eerste president van Singapore.Terwijl de Maleisische en Brits-Borneo-dollar gedurende een korte periode als wettig betaalmiddel bleven bestaan, vonden er vóór de uiteindelijke introductie van de Singaporese dollar in 1967 discussies plaats over een gedeelde munteenheid tussen Singapore en Maleisië. ^[17] In Maleisië waren de parlementaire zetels die voorheen bezet waren door Singapore werden opnieuw toegewezen aan Malaya, waardoor het machts- en invloedsevenwicht van de staten Sabah en Sarawak veranderde.Het besluit om Singapore van Maleisië af te scheiden kreeg heftige reacties, vooral van de leiders in Sabah en Sarawak.Deze leiders uitten gevoelens van verraad en frustratie omdat ze niet werden geraadpleegd tijdens het scheidingsproces. De eerste minister van Sabah, Fuad Stephens, uitte zijn diepe verdriet in een brief aan Lee Kuan Yew, terwijl leiders als Ong Kee Hui van de Sarawak United Peoples' Party vragen stelden de grondgedachte voor het voortbestaan ​​van Maleisië na de scheiding.Ondanks deze zorgen verdedigde de Maleisische vice-premier Abdul Razak Hussein het besluit, waarbij hij de geheimhouding en urgentie van de stap toeschreef aan de aanhoudende confrontatie tussen Indonesië en Maleisië.^[18]