Het presidentschap van Pervez Musharraf van 1999 tot 2007 was de eerste keer dat liberale krachten aanzienlijke macht in Pakistan hadden.Initiatieven voor economische liberalisering, privatisering en mediavrijheid werden geïntroduceerd, waarbij Citibank-directeur Shaukat Aziz de controle over de economie overnam.De regering van Musharraf verleende amnestie aan politieke arbeiders van liberale partijen, waardoor conservatieven en linksen buitenspel werden gezet.Musharraf breidde de particuliere media aanzienlijk uit, met als doel de culturele invloed van India tegen te gaan.Het Hooggerechtshof beval in oktober 2002 algemene verkiezingen, en Musharraf steunde de Amerikaanse invasie van Afghanistan in 2001. De spanningen met India over Kasjmir leidden in 2002 tot een militaire patstelling.Het referendum van Musharraf in 2002, dat als controversieel werd beschouwd, verlengde zijn presidentiële ambtstermijn.Bij de algemene verkiezingen van 2002 wonnen liberalen en centristen een meerderheid en vormden ze een regering met de steun van Musharraf.Het 17e amendement op de Pakistaanse grondwet legitimeerde met terugwerkende kracht de acties van Musharraf en breidde zijn presidentschap uit.Shaukat Aziz werd premier in 2004 en richtte zich op economische groei, maar kreeg te maken met tegenstand voor sociale hervormingen.Musharraf en Aziz overleefden verschillende moordpogingen die verband hielden met Al-Qaeda.Internationaal hebben beschuldigingen van nucleaire proliferatie hun geloofwaardigheid aangetast.Binnenlandse uitdagingen waren onder meer conflicten in tribale gebieden en een wapenstilstand met de Taliban in 2006, hoewel het sektarische geweld aanhield.