In 1958 eindigde het Pakistaanse parlementaire systeem met het opleggen van de staat van beleg.De publieke ontgoocheling over de corruptie in de burgerlijke bureaucratie en het bestuur leidde tot steun voor de acties van generaal Ayub Khan.^[16] De militaire regering voerde belangrijke landhervormingen door en handhaafde het Diskwalificatiebevel van de Elective Bodies, waardoor HS Suhrawardy geen openbaar ambt mocht uitoefenen.Khan introduceerde de ‘Basisdemocratie’, een nieuw presidentieel systeem waarbij een kiescollege van 80.000 mensen de president koos en de grondwet van 1962 afkondigde.^[17] In 1960 won Ayub Khan de steun van de bevolking in een nationaal referendum, waarbij hij overging van een militaire naar een constitutionele burgerregering.^[16]Belangrijke ontwikkelingen tijdens het presidentschap van Ayub Khan waren onder meer de verplaatsing van de infrastructuur van de hoofdstad van Karachi naar Islamabad.Dit tijdperk, bekend als het ‘Grote Decennium’, wordt gevierd vanwege zijn economische ontwikkeling en culturele verschuivingen, ^[18] waaronder de opkomst van de popmuziek-, film- en drama-industrie.Ayub Khan bracht Pakistan op één lijn met de Verenigde Staten en de westerse wereld en sloot zich aan bij de Centrale Verdragsorganisatie (CENTO) en de Zuidoost-Aziatische Verdragsorganisatie (SEATO).De particuliere sector groeide en het land boekte vooruitgang op het gebied van onderwijs, menselijke ontwikkeling en wetenschap, waaronder de lancering van een ruimtevaartprogramma en de voortzetting van het kernenergieprogramma.^[18]Het incident met het U2-spionagevliegtuig in 1960 bracht echter geheime Amerikaanse operaties vanuit Pakistan aan het licht, waardoor de nationale veiligheid in gevaar kwam.In hetzelfde jaar ondertekende Pakistan het Induswaterverdrag met India om de betrekkingen te normaliseren.^[19] De betrekkingen met China werden sterker, vooral na de Chinees-Indische Oorlog, wat leidde tot een grensovereenkomst in 1963 die de dynamiek van de Koude Oorlog veranderde.In 1964 onderdrukte de Pakistaanse strijdkrachten een vermoedelijke pro-communistische opstand in West-Pakistan, en in 1965 won Ayub Khan ternauwernood de controversiële presidentsverkiezingen tegen Fatima Jinnah.