In 1999 maakte Pakistan een bloedeloze militaire staatsgreep mee onder leiding van generaal Pervez Musharraf en de militaire staf van het hoofdkwartier van de gezamenlijke staf.Op 12 oktober namen ze de controle over van de burgerregering van premier Nawaz Sharif.Twee dagen later schortte Musharraf, als Chief Executive, op controversiële wijze de grondwet van Pakistan op.De staatsgreep werd veroorzaakt door escalerende spanningen tussen de regering van Sharif en het leger, in het bijzonder met generaal Musharraf.Sharifs poging om Musharraf te vervangen door luitenant-generaal Ziauddin Butt als legerleider stuitte op weerstand van hoge militaire functionarissen en leidde tot de detentie van Butt.De uitvoering van de staatsgreep verliep snel.Binnen 17 uur hadden militaire commandanten belangrijke overheidsinstellingen in beslag genomen, waardoor Sharif en zijn regering, inclusief zijn broer, onder huisarrest werden geplaatst.Het leger nam ook de controle over kritieke communicatie-infrastructuur over.Het Pakistaanse Hooggerechtshof, onder leiding van opperrechter Irshad Hassan Khan, bekrachtigde de staat van beleg onder een ‘doctrine van noodzaak’, maar beperkte de duur ervan tot drie jaar.Sharif werd berecht en veroordeeld wegens het in gevaar brengen van levens aan boord van een vliegtuig met Musharraf, een beslissing die tot controverse leidde.In december 2000 verleende Musharraf onverwacht gratie aan Sharif, die vervolgens naar Saoedi-Arabië vloog.In 2001 werd Musharraf president nadat hij president Rafiq Tarar tot aftreden had gedwongen.Een nationaal referendum in april 2002, dat door velen als frauduleus werd bekritiseerd, verlengde het bewind van Musharraf.Bij de algemene verkiezingen van 2002 was er sprake van een terugkeer naar de democratie, waarbij de PML(Q) van Musharraf een minderheidsregering vormde.