Tijdens de Bosnische Oorlog en de Kroatische Oorlog van 1991-1995 nam Montenegro samen met Servische troepen met zijn politie en strijdkrachten deel aan de aanvallen op Dubrovnik, Kroatië en Bosnische steden. grove en systematische schendingen van de mensenrechten.De Montenegrijnse generaal Pavle Strugar is inmiddels veroordeeld voor zijn aandeel in het bombardement op Dubrovnik.Bosnische vluchtelingen werden door de Montenegrijnse politie gearresteerd en naar Servische kampen in Foča vervoerd, waar ze systematisch werden gemarteld en geëxecuteerd.In mei 1992 legden de Verenigde Naties een embargo op aan de FRJ: dit had gevolgen voor veel aspecten van het leven in het land.Vanwege zijn gunstige geografische ligging (toegang tot de Adriatische Zee en een waterverbinding met Albanië over het Skadarmeer) werd Montenegro een knooppunt voor smokkelactiviteiten.De hele Montenegrijnse industriële productie was gestopt en de belangrijkste economische activiteit van de republiek werd de smokkel van gebruiksgoederen – vooral die waar een tekort aan was, zoals benzine en sigaretten, die beide in prijs omhoog schoten.Het werd een de facto gelegaliseerde praktijk en het duurde jaren.In het beste geval sloot de Montenegrijnse regering een oogje dicht voor de illegale activiteiten, maar meestal nam zij er actief aan deel.Door smokkel zijn allerlei duistere individuen, waaronder hoge regeringsfunctionarissen, miljonair geworden.Milo Đukanović wordt nog steeds geconfronteerd met acties bij verschillende Italiaanse rechtbanken vanwege zijn rol in de wijdverbreide smokkel in de jaren negentig en bij het bieden van een veilige haven in Montenegro aan verschillende Italiaanse maffiafiguren die naar verluidt ook deelnamen aan de distributieketen van smokkel.