De nieuwe sultan vestigde een nieuwe hoofdstad aan de rivier de Johor en bleef van daaruit de Portugezen in het noorden lastigvallen.Hij werkte consequent samen met zijn broer in Perak en de sultan van Pahang om Malakka te heroveren, dat tegen die tijd werd beschermd door het fort A Famosa.Op het noordelijke deel van Sumatra begon het Atjeh-sultanaat rond dezelfde periode aanzienlijke invloed te verwerven over de Straat van Malakka.Met de val van Malakka in christelijke handen sloegen moslimhandelaren Malakka vaak over ten gunste van Atjeh of ook van Johors hoofdstad Johor Lama (Kota Batu).Daarom werden Malakka en Atjeh directe concurrenten.Terwijl de Portugezen en Johor regelmatig de hoorns op elkaar sloten, lanceerde Atjeh meerdere aanvallen op beide partijen om zijn greep op de zeestraten te verstevigen.De opkomst en uitbreiding van Atjeh moedigde de Portugezen en Johor aan om een ​​wapenstilstand te ondertekenen en hun aandacht op Atjeh te richten.De wapenstilstand was echter van korte duur en nu Atjeh ernstig verzwakt was, hadden Johor en de Portugezen elkaar weer in het vizier.Tijdens het bewind van sultan Iskandar Muda viel Atjeh Johor aan in 1613 en opnieuw in ^[1615.]