De laatste sultan van de Malakkaanse dynastie, sultan Mahmud Shah II, stond bekend om zijn grillige gedrag, dat grotendeels ongecontroleerd bleef na de dood van Bendehara Habib en de daaropvolgende benoeming van Bendahara Abdul Jalil.Dit gedrag culmineerde erin dat de sultan de executie van de zwangere vrouw van een edelman beval wegens een kleine overtreding.Als vergelding werd de sultan vermoord door de benadeelde edelman, waardoor de troon in 1699 vacant bleef. De Orang Kayas, adviseurs van de sultan, wendden zich tot Sa Akar DiRaja, Raja Temenggong van Muar, die suggereerde dat Bendahara Abdul Jalil de troon zou erven.De opvolging stuitte echter op enige ontevredenheid, vooral van de Orang Laut.Tijdens deze periode van instabiliteit zagen twee dominante groepen in Johor – de Bugis en de Minangkabau – een kans om de macht uit te oefenen.De Minangkabau introduceerden Raja Kecil, een prins die beweert de postume zoon van sultan Mahmud II te zijn.Met de belofte van rijkdom en macht steunden de Bugis aanvankelijk Raja Kecil.Raja Kecil verraadde hen echter en kroonde zichzelf tot sultan van Johor zonder hun toestemming, waardoor de vorige sultan Abdul Jalil IV vluchtte en uiteindelijk werd vermoord.Als vergelding bundelden de Bugis hun krachten met Raja Sulaiman, de zoon van sultan Abdul Jalil IV, wat leidde tot de onttroning van Raja Kecil in 1722. Terwijl Raja Sulaiman opsteeg als sultan, werd hij sterk beïnvloed door de Bugis, die in feite Johor regeerden.Gedurende de regering van Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah in het midden van de 18e eeuw oefenden de Bugis aanzienlijke controle uit over het bestuur van Johor.Hun invloed werd zo groot dat tegen 1760 verschillende Bugis-families waren getrouwd in de koninklijke lijn van Johor, waardoor hun dominantie verder werd geconsolideerd.Onder hun leiding ervoer Johor economische groei, ondersteund door de integratie van Chinese handelaren.Tegen het einde van de 18e eeuw begon Engkau Muda van de Temenggong-factie echter de macht terug te winnen, waarmee hij de basis legde voor de toekomstige welvaart van het sultanaat onder leiding van Temenggong Abdul Rahman en zijn nakomelingen.