Edward I was nu vrij van schaamte in het buitenland en thuis, en nadat hij voorbereidingen had getroffen voor de uiteindelijke verovering van Schotland , begon hij zijn invasie midden mei 1303. Zijn leger was in twee divisies verdeeld: de ene onder hemzelf en de andere onder de leiding van Schotland. Prins van Wales. Edward rukte op in het oosten en zijn zoon kwam Schotland binnen via het westen, maar zijn opmars werd op verschillende punten tegengehouden door Wallace. Koning Edward bereikte Edinburgh in juni en marcheerde vervolgens via Linlithgow en Stirling naar Perth. Comyn, met de kleine strijdmacht onder zijn bevel, kon niet hopen Edwards troepen te verslaan. Edward bleef tot juli in Perth en reisde vervolgens via Dundee, Montrose en Brechin naar Aberdeen, waar hij in augustus arriveerde. Van daaruit marcheerde hij door Moray, voordat zijn voortgang zich voortzette naar Badenoch, voordat hij zijn pad terug naar het zuiden vervolgde naar Dunfermline, waar hij de hele winter verbleef.
Begin 1304 stuurde Edward een overvallers naar de grenzen, waardoor de troepen onder Fraser en Wallace op de vlucht werden gedreven. Nu het land onderworpen was, gaven alle leidende Schotten zich in februari over aan Edward, behalve Wallace, Fraser en Soulis, die in Frankrijk waren. Op 9 februari werd onderhandeld over de voorwaarden voor onderwerping door John Comyn, die weigerde zich onvoorwaardelijk over te geven, maar vroeg om de vrijlating van gevangenen van beide partijen tegen losgeld en dat Edward ermee instemde dat er geen represailles of onterving van de Schotten zouden plaatsvinden.
Met uitzondering van William Wallace en John de Soulis leek het erop dat alles vergeven zou worden nadat enkele van de bekendere leiders voor verschillende periodes uit Schotland waren verbannen. Verbeurde bezittingen kunnen worden teruggevorderd door betaling van boetes die worden opgelegd in bedragen die passend worden geacht voor het verraad van elk individu. De erfenissen zouden blijven bestaan zoals altijd, waardoor de landadel titels en eigendommen op de normale manier kon doorgeven.
De Soulis bleef in het buitenland en weigerde zich over te geven. Wallace was nog steeds op vrije voeten in Schotland en weigerde, in tegenstelling tot alle edelen en bisschoppen, hulde te brengen aan Edward. Edward moest iemand een voorbeeld geven, en door te weigeren te capituleren en de bezetting en annexatie van zijn land te aanvaarden, werd Wallace het ongelukkige middelpunt van Edwards haat. Hem zou geen vrede worden gegund, tenzij hij zichzelf volkomen en absoluut onder de wil van Edward plaatste. Er werd ook besloten dat James Stewart, de Soulis en Sir Ingram de Umfraville niet konden terugkeren voordat Wallace was opgegeven, en Comyn, Alexander Lindsay, David Graham en Simon Fraser actief moesten zoeken naar zijn gevangenneming.