Nikephoros kwam in 1078 in conflict met keizer Michael toen hij de keizer smeekte om de verslechterende situatie in Byzantijns Anatolië aan te pakken, waarbij hij Michael beledigde met zijn openhartigheid.Om zichzelf te beschermen verzamelde Nikephoros een leger van inheemse troepen en Turkse huurlingen en riep zichzelf in juli of oktober 1077 uit tot keizer. Nikephoros verzamelde een sterke steunbasis dankzij zijn militair inzicht en familiefaam en werd later op 7 september door de Byzantijnse Senaat erkend. Januari 1078, waarna hij de troon greep met de hulp van de burgers van Constantinopel.Als keizer kreeg Nikephoros te maken met talloze opstanden, waaronder die van Nikephoros Bryennios, Nikephoros Basilakes en Constantine Doukas, evenals met een poging tot moord door de Varangiaanse Garde .Nikephoros omarmde de attributen van een keizer en voerde vele daden uit om zijn legitimiteit en steun te vergroten, zoals het uitgeven van grote bedragen aan donaties voor het leger en zijn aanhangers, het kwijtschelden van alle achterstallige schulden en het doorvoeren van kleine juridische hervormingen.Diplomatiek verzekerde Nikephoros zich van de onderwerping van Theodore Gabras en Philaretos Brachamios, gouverneurs van respectievelijk Trebizonde en Antiochië, die de facto onafhankelijk waren geworden van het Byzantijnse rijk als gevolg van de voortdurende invallen van de Seltsjoeken in Byzantijns Anatolië.