De Normandische hertog Robert Guiscard van Apulië bereidde zich voor om in 1081 het Byzantijnse rijk binnen te vallen onder het voorwendsel de opvolging van Constantijn Doukas te verdedigen, die verloofd was met Roberts dochter Helena;tegelijkertijd veroverden de Seltsjoeken de stad Cyzicus.Alexios kreeg een substantieel leger toevertrouwd om de Normandische dreiging te verslaan, maar spande samen met zijn familielid John Doukas om in plaats daarvan de troon voor zichzelf te nemen.Alexios kwam in opstand tegen Nikephoros en was in staat Constantinopel snel te omsingelen en te belegeren vanwege het ontbreken van een defensief leger.Nikeophoros was niet in staat om de steun te krijgen van de Seltsjoekse Turken of Nikephoros Melissenos, zijn traditionele rivalen, en werd daarom gedwongen zich voor te bereiden om af te treden.Nikephoros besloot dat zijn enige keuze was om af te treden ten gunste van Melissenos, die vlakbij in Damalis in Anatolië was, en stuurde boodschappers naar hem over de Bosporus;deze boodschappers werden echter onderschept door George Palaiologos, een generaal van Alexios, die hen overhaalde om Alexios te steunen.Alexios en zijn troepen braken op 1 april 1081 door de muren van Constantinopel en plunderden de stad;Patriarch Cosmas overtuigde Nikephoros om afstand te doen van Alexios in plaats van de burgeroorlog te verlengen.Nikephoros vluchtte toen naar de Hagia Sophia en zocht daar een toevluchtsoord.Michael, de logothete van Alexios, begeleidde vervolgens Nikephoros naar het klooster van Peribleptus, waar hij aftrad en monnik werd.Hij stierf later dat jaar.