Lee behaalde, ondanks dat hij in de minderheid was met een verhouding van meer dan twee tegen één, misschien wel zijn grootste overwinning van de oorlog, soms beschreven als zijn 'perfecte strijd'.^[25] Maar hij betaalde er een vreselijke prijs voor, waarbij hij meer slachtoffers maakte dan hij had verloren in enige eerdere veldslag, inclusief de Zuidelijke nederlaag in de Slag bij Antietam .Met slechts 60.000 manschappen leed hij 13.303 slachtoffers (1.665 doden, 9.081 gewonden, 2.018 vermisten), ^{[34 waarbij hij]} ongeveer 22% van zijn strijdmacht verloor in de campagne - mannen die de Confederatie, met zijn beperkte mankracht, niet kon vervangen.Net zo serieus verloor hij zijn meest agressieve veldcommandant, Stonewall Jackson.Brig.Generaal Elisha F. Paxton was de andere Zuidelijke generaal die tijdens de slag om het leven kwam.Nadat Longstreet zich weer bij het hoofdleger had gevoegd, was hij zeer kritisch over Lee's strategie en zei hij dat veldslagen zoals Chancellorsville de Confederatie meer mannen kostten dan ze zich kon veroorloven te verliezen.^[26]Hooker, die de campagne begon in de overtuiging dat hij "80 kansen op 100 had om succesvol te zijn", verloor de strijd door miscommunicatie, de incompetentie van enkele van zijn leidende generaals (met name Howard en Stoneman, maar ook Sedgwick), maar vooral door de ineenstorting van zijn eigen vertrouwen.Hookers fouten waren onder meer het opgeven van zijn offensieve aanval op 1 mei en het bevelen van Sickles om Hazel Grove op te geven en zich op 2 mei terug te trekken. Hij vergiste zich ook in zijn opstelling van troepen;ondanks de aansporing van Abraham Lincoln, "stel deze keer al uw mannen in", losten zo'n 40.000 mannen van het leger van de Potomac nauwelijks een schot.De Unie was geschokt door de nederlaag.President Abraham Lincoln werd als volgt geciteerd: "Mijn God! Mijn God! Wat zal het land zeggen?"Een paar generaals waren beroepsslachtoffers.President Lincoln koos ervoor om Hooker aan het hoofd van het leger te houden, maar de wrijving tussen Lincoln, opperbevelhebber Henry W. Halleck, en Hooker werd ondraaglijk in de begindagen van wat bekend zou worden als de Gettysburg-campagne en Lincoln ontheft Hooker van het bevel over 28 juni, net voor de slag om Gettysburg .Het Zuidelijke publiek had gemengde gevoelens over het resultaat, vreugde over Lee's tactische overwinning getemperd door het verlies van hun meest geliefde generaal, Stonewall Jackson.De dood van Jackson zorgde ervoor dat Lee de langverwachte reorganisatie van het leger van Noord-Virginia maakte van twee grote korpsen in drie, onder leiding van James Longstreet, Richard S. Ewell en AP Hill.De nieuwe opdrachten voor de laatste twee generaals veroorzaakten enkele commandoproblemen tijdens de aanstaande Gettysburg-campagne, die in juni begon.Van grotere betekenis voor Gettysburg was echter het grote vertrouwen dat Lee kreeg door zijn grote overwinning in Chancellorsville, dat zijn leger vrijwel onoverwinnelijk was en zou slagen in alles wat hij van hem vroeg.^[27]