President Lincoln was teleurgesteld in de prestaties van McClellan. Hij geloofde dat de overdreven voorzichtige en slecht gecoördineerde acties van McClellan in het veld de strijd tot een gelijkspel hadden gedwongen in plaats van tot een verlammende Zuidelijke nederlaag. De president was zelfs nog verbaasder dat McClellan van 17 september tot 26 oktober, ondanks herhaalde smeekbeden van het Ministerie van Oorlog en de president zelf, weigerde Lee over de Potomac te achtervolgen, daarbij verwijzend naar een tekort aan uitrusting en de angst zijn troepen te overbelasten. Generaal-in-Chief Henry W. Halleck schreef in zijn officiële rapport: ‘De lange inactiviteit van zo’n groot leger tegenover een verslagen vijand, en tijdens het meest gunstige seizoen voor snelle bewegingen en een krachtige campagne, was een kwestie van grote teleurstelling en spijt." Lincoln ontsloeg McClellan op 5 november van zijn bevel over het leger van de Potomac, waarmee feitelijk een einde kwam aan de militaire carrière van de generaal. Hij werd op 9 november vervangen door generaal Burnside.

De resultaten van Antietam stelden president Lincoln ook in staat om op 22 september de voorlopige emancipatieproclamatie uit te vaardigen, die de Zuidelijke staten tot 1 januari 1863 de tijd gaf om hun rebellie te beëindigen, anders zouden ze hun slaven verliezen. Hoewel Lincoln dit eerder van plan was geweest, adviseerde minister van Buitenlandse Zaken William H. Seward hem tijdens een kabinetsvergadering te wachten tot de Unie een belangrijke overwinning had behaald, om zo de indruk te vermijden dat deze uit wanhoop was voortgekomen.

De overwinning van de Unie en de proclamatie van Lincoln speelden een aanzienlijke rol bij het ervan weerhouden van de regeringen van Frankrijk en Groot-Brittannië om de Confederatie te erkennen; sommigen vermoedden dat ze dit van plan waren in de nasleep van een nieuwe nederlaag van de Unie. Toen emancipatie gekoppeld werd aan de voortgang van de oorlog, had geen van beide regeringen de politieke wil om zich tegen de Verenigde Staten te verzetten, aangezien zij de steun aan de Confederatie koppelde aan steun voor de slavernij. Beide landen hadden de slavernij al afgeschaft, en het publiek zou niet hebben getolereerd dat de regering militair een soevereiniteit steunde die de idealen van de slavernij hoog hield.