पहिलो फितना, एक प्रमुख प्रारम्भिक इस्लामिक गृहयुद्धले इजिप्टको शासनमा महत्त्वपूर्ण परिवर्तनहरू ल्यायो।यस अवधिमा, खलीफा अलीले मोहम्मद इब्न अबी बकरलाई इजिप्टको गभर्नर नियुक्त गरे।जे होस्, अमर इब्न अल-असले उमय्यादहरूलाई समर्थन गर्दै, 658 मा इब्न अबी बकरलाई पराजित गरे र 664 मा उनको मृत्यु नहोउन्जेल इजिप्टलाई शासन गरे। उमय्याद अन्तर्गत, मसलामा इब्न मुखल्लाद अल-अन्सारी जस्ता उमय्याद समर्थकहरूले दोस्रो फितना सम्म इजिप्टमा शासन गरे। ।यस द्वन्द्वको समयमा, खारिजाइट-समर्थित जुबैरिद शासन, स्थानीय अरबहरू बीच अलोकप्रिय, स्थापित भयो।उमय्याद खलीफा मारवान प्रथमले 684 मा इजिप्टमा आक्रमण गरे, उमय्याद नियन्त्रण पुनर्स्थापित गरे र आफ्नो छोरा अब्द अल-अजीजलाई गभर्नरको रूपमा नियुक्त गरे, जसले 20 वर्षसम्म प्रभावकारी रूपमा भाइसरायको रूपमा शासन गरे।^[८२]उमय्याद अन्तर्गत, अब्द अल-मलिक इब्न रिफाआ अल-फाहमी र अयुब इब्न शारहबिल जस्ता गभर्नरहरू, स्थानीय सैन्य अभिजात वर्ग (जुन्ड) बाट चुनिएका, कोप्ट्समाथि दबाब बढाउने नीतिहरू लागू गरे र इस्लामीकरण सुरु गरे।^[८३] यसले उच्च करको कारण धेरै कप्टिक विद्रोहहरू निम्त्यायो, जसमा सबैभन्दा उल्लेखनीय 725 मा भएको थियो। अरबी 706 मा आधिकारिक सरकारी भाषा बन्यो, जसले इजिप्शियन अरबीको गठनमा योगदान पुर्‍यायो।उमय्याद अवधि 739 र 750 मा थप विद्रोह संग समाप्त भयो।अब्बासिद अवधिमा, इजिप्टले नयाँ करहरू र थप कप्टिक विद्रोहहरूको अनुभव गर्यो।834 मा खलीफा अल-मुतासिमको शक्ति र वित्तीय नियन्त्रण केन्द्रीकृत गर्ने निर्णयले टर्की सैनिकहरूसँग स्थानीय अरब सेनाहरूको प्रतिस्थापन सहित महत्त्वपूर्ण परिवर्तनहरू निम्त्यायो।9 औं शताब्दीले अरबीकरण र इस्लामिकरण प्रक्रियाहरू तीव्र हुँदै गर्दा मुस्लिम जनसंख्याले कप्टिक ईसाईहरूलाई उछिनेको देख्यो।अब्बासीको केन्द्रमा रहेको "सामारामा अराजकता" ले इजिप्टमा अलिद क्रान्तिकारी आन्दोलनहरूको उदयलाई सहज बनायो।^[८४]टुलुनिड अवधि 868 मा शुरू भयो जब अहमद इब्न टुलुनलाई गभर्नरको रूपमा नियुक्त गरिएको थियो, इजिप्टको राजनीतिक स्वतन्त्रता तर्फ परिवर्तन भएको थियो।आन्तरिक शक्ति संघर्षको बावजुद, इब्न टुलुनले महत्त्वपूर्ण सम्पत्ति जम्मा गरेर र लेभान्टमा प्रभाव विस्तार गर्दै वास्तविक स्वतन्त्र शासन स्थापना गरे।तथापि, उनका उत्तराधिकारीहरूले आन्तरिक कलह र बाह्य खतराहरूको सामना गरे, जसले गर्दा 905 मा इजिप्टको अब्बासिद पुन: विजयी भयो ^{[। ८५]}तुलुनिद पछि इजिप्टले निरन्तर संघर्ष र टर्की कमाण्डर मुहम्मद इब्न तुग्ज अल-इख्शिद जस्ता प्रभावशाली व्यक्तित्वहरूको उदय देख्यो।946 मा उनको मृत्युले उनको छोरा उनुजुरको शान्तिपूर्ण उत्तराधिकार र त्यसपछि काफुरको शासनको नेतृत्व गर्यो।यद्यपि, 969 मा फातिमिद विजयले यो अवधि समाप्त भयो, इजिप्टको इतिहासको नयाँ युगको सुरुवात गर्दै।^[८६]