Kajian genetik Asia mencadangkan manusia asal di Asia Timur berasal dari Asia Tenggara.^[14] Kumpulan orang asli di semenanjung boleh dibahagikan kepada tiga etnik: Negrito, Senoi, dan proto-Melayu.^[15] Penduduk pertama Semenanjung Tanah Melayu kemungkinan besar adalah orang Negrito.^[16] Pemburu Mesolitik ini mungkin nenek moyang Semang, sebuah kumpulan etnik Negrito.^[17] Senoi nampaknya merupakan kumpulan komposit, dengan kira-kira separuh daripada garis keturunan DNA mitokondria ibu menyusuri kembali kepada nenek moyang Semang dan kira-kira separuh kepada penghijrahan nenek moyang kemudian dari Indochina.Ulama mencadangkan mereka adalah keturunan ahli pertanian berbahasa Austroasiatik awal, yang membawa kedua-dua bahasa dan teknologi mereka ke bahagian selatan semenanjung kira-kira 4,000 tahun yang lalu.Mereka bersatu dan bersatu dengan penduduk asli.^[18] Orang Melayu Proto mempunyai asal usul yang lebih pelbagai ^[19] dan telah menetap di Malaysia pada tahun 1000 SM akibat pengembangan Austronesia.^[20] Walaupun mereka menunjukkan beberapa hubungan dengan penduduk lain di Maritim Asia Tenggara, ada juga yang mempunyai keturunan di Indochina sekitar masa Maksimum Glasier Terakhir kira-kira 20,000 tahun yang lalu.Kawasan yang merangkumi apa yang kini dikenali sebagai Malaysia telah mengambil bahagian dalam Maritim Jade Road.Rangkaian perdagangan wujud selama 3,000 tahun, antara 2000 SM hingga 1000 CE.^[21]Ahli antropologi menyokong tanggapan bahawa Proto-Melayu berasal dari Yunnan,China sekarang.^[22] Ini diikuti dengan penyebaran awal Holosen melalui Semenanjung Tanah Melayu ke Kepulauan Melayu.^[23] Sekitar 300 SM, mereka telah ditolak ke pedalaman oleh Deutero-Melays, Zaman Besi atau Zaman Gangsa yang sebahagiannya berasal dari Chams of Cambodia dan Vietnam .Kumpulan pertama di semenanjung yang menggunakan alat logam, Deutero-Melays merupakan nenek moyang langsung orang Melayu Malaysia hari ini dan membawa bersama mereka teknik pertanian yang maju.^[17] Orang Melayu kekal berpecah-belah dari segi politik di seluruh kepulauan Melayu, walaupun budaya dan struktur sosial yang sama dikongsi bersama.^[24]