მე-16 საუკუნეში პროტესტანტულმა რეფორმაციულმა მოძრაობებმა ღრმად შეაღწიეს პოლონურ ქრისტიანობაში და შედეგად რეფორმაციამ პოლონეთში მოიცავდა სხვადასხვა კონფესიებს.რელიგიური ტოლერანტობის პოლიტიკა, რომელიც განვითარდა პოლონეთში, თითქმის უნიკალური იყო იმ დროს ევროპაში და ბევრმა, ვინც გაიქცა რელიგიური არეულობისგან განადგურებული რეგიონებიდან, თავშესაფარი პოლონეთში იპოვა.მეფე სიგიზმუნდ I ძველის (1506–1548) და მეფე სიგიზმუნდ II ავგუსტუსის (1548–1572) მეფობისას მოწმე იყო კულტურისა და მეცნიერების ინტენსიური კულტივირება (აღორძინების ოქროს ხანა პოლონეთში), რომელთაგან ასტრონომი ნიკოლოზ კოპერნიკი (1473 წ.). –1543) ყველაზე ცნობილი წარმომადგენელია.იან კოჩანოვსკი (1530-1584) იყო პოეტი და იმ პერიოდის მთავარი მხატვრული პიროვნება.1525 წელს, სიგიზმუნდ I-ის მეფობის დროს, ტევტონთა ორდენი სეკულარიზაცია მოხდა და ჰერცოგმა ალბერმა შეასრულა პატივისცემის აქტი პოლონეთის მეფის (პრუსიის პატივისცემის) წინაშე მისი ფიფის, პრუსიის საჰერცოგოსთვის.მაზოვია საბოლოოდ მთლიანად შეიტანეს პოლონეთის გვირგვინში 1529 წელს.სიგიზმუნდ II-ის მეფობამ დაასრულა იაგელიონის პერიოდი, მაგრამ დასაბამი მისცა ლუბლინის კავშირს (1569), რაც ლიტვასთან კავშირის საბოლოო შესრულება იყო.ამ შეთანხმებამ უკრაინა ლიტვის დიდი საჰერცოგოდან პოლონეთს გადასცა და პოლონეთ-ლიტვის პოლიტიკა ნამდვილ კავშირად გადააქცია, შეინარჩუნა იგი უშვილო სიგიზმუნდ II-ის გარდაცვალების შემდეგ, რომლის აქტიურმა მონაწილეობამ შესაძლებელი გახადა ამ პროცესის დასრულება.შორეულ ჩრდილო-აღმოსავლეთში მდებარე ლივონია 1561 წელს პოლონეთმა შემოიტანა და პოლონეთი შევიდა ლივონის ომში რუსეთის ცარდომის წინააღმდეგ.ეგზეკუსიონისტურმა მოძრაობამ, რომელიც ცდილობდა შეემოწმებინა პოლონეთისა და ლიტვის მაგნატური ოჯახების სახელმწიფოს დომინირება, პიკს მიაღწია პიოტრკოვის სეიმში 1562–63 წლებში.რელიგიურ ფრონტზე პოლონელი ძმები დაშორდნენ კალვინისტებს და 1563 წელს გამოიცა პროტესტანტული ბრესტის ბიბლია. 1564 წელს ჩამოსულ იეზუიტებს განზრახული ჰქონდათ დიდი გავლენა მოეხდინათ პოლონეთის ისტორიაზე.