La presidenza di Pervez Musharraf dal 1999 al 2007 ha segnato la prima volta in cui le forze liberali hanno detenuto un potere significativo in Pakistan.Furono introdotte iniziative per la liberalizzazione economica, la privatizzazione e la libertà dei media, con il dirigente della Citibank Shaukat Aziz che prese il controllo dell'economia.Il governo di Musharraf ha concesso l'amnistia ai lavoratori politici dei partiti liberali, mettendo da parte i conservatori e la sinistra.Musharraf ha ampliato in modo significativo i media privati, con l'obiettivo di contrastare l'influenza culturale dell'India.La Corte Suprema ordinò elezioni generali entro l’ottobre 2002 e Musharraf approvò l’invasione americana dell’Afghanistan nel 2001. Le tensioni con l’India sul Kashmir portarono a uno stallo militare nel 2002.Il referendum di Musharraf del 2002, ritenuto controverso, prolungò il suo mandato presidenziale.Le elezioni generali del 2002 videro liberali e centristi conquistare la maggioranza, formando un governo con il sostegno di Musharraf.Il 17° emendamento alla Costituzione del Pakistan ha legittimato retroattivamente le azioni di Musharraf e ha esteso la sua presidenza.Shaukat Aziz è diventato Primo Ministro nel 2004, concentrandosi sulla crescita economica ma affrontando l’opposizione alle riforme sociali.Musharraf e Aziz sopravvissero a diversi tentativi di omicidio legati ad al-Qaeda.A livello internazionale, le accuse di proliferazione nucleare hanno offuscato la loro credibilità.Le sfide interne includevano conflitti nelle aree tribali e una tregua con i talebani nel 2006, sebbene la violenza settaria persistesse.