Durante l'occupazione aumentarono le tensioni etniche e crebbe il nazionalismo.^[82] La Gran Bretagna era in bancarotta e il nuovo governo laburista desiderava ritirare le sue forze dall'Est.Ma la maggior parte dei malesi era più preoccupata di difendersi dal MCP che di chiedere l'indipendenza dagli inglesi.Nel 1944, gli inglesi elaborarono piani per un'unione malese, che avrebbe trasformato gli Stati malesi federati e non federati, più Penang e Malacca (ma non Singapore ), in un'unica colonia della Corona, in vista dell'indipendenza.Questa mossa, mirante all'eventuale indipendenza, incontrò una significativa resistenza da parte dei malesi, principalmente a causa della proposta di pari cittadinanza per l'etnia cinese e altre minoranze.Gli inglesi percepivano questi gruppi come più leali durante la guerra rispetto ai malesi.Questa opposizione portò allo scioglimento dell'Unione malese nel 1948, lasciando il posto alla Federazione della Malesia, che mantenne l'autonomia dei governanti statali malesi sotto la protezione britannica.Parallelamente a questi cambiamenti politici, il Partito Comunista della Malesia (MCP), sostenuto principalmente dall’etnia cinese, stava guadagnando slancio.L'MCP, inizialmente un partito legale, si era spostato verso la guerriglia con l'aspirazione di espellere gli inglesi dalla Malesia.Nel luglio 1948, il governo britannico dichiarò lo stato di emergenza, spingendo l'MCP a ritirarsi nella giungla e formare l'Esercito di liberazione popolare malese.Le cause profonde di questo conflitto andavano dai cambiamenti costituzionali che emarginavano l’etnia cinese allo spostamento dei contadini per lo sviluppo delle piantagioni.Tuttavia, il MCP ha ottenuto un sostegno minimo da parte delle potenze comuniste globali.L'emergenza malese, durata dal 1948 al 1960, vide gli inglesi impiegare moderne tattiche di controinsurrezione, ideate dal tenente generale Sir Gerald Templer, contro l'MCP.Anche se il conflitto ha visto la sua dose di atrocità, come il massacro di Batang Kali, la strategia britannica di isolare il MCP dalla sua base di sostegno, unita alle concessioni economiche e politiche, ha gradualmente indebolito gli insorti.Verso la metà degli anni '50, la situazione si era rivoltata contro l'MCP, ponendo le basi per l'indipendenza della Federazione all'interno del Commonwealth il 31 agosto 1957, con Tunku Abdul Rahman come primo ministro inaugurale.