All'inizio del XVI secolo, dopo la conquista ottomana dell'Egitto nel 1517, il sultano Selim I nominò Yunus Pasha governatore dell'Egitto, ma fu presto sostituito da Hayır Bey a causa di problemi di corruzione.^[97] Questo periodo segnò una lotta per il potere tra i rappresentanti ottomani e imamelucchi , che mantennero un'influenza significativa.I mamelucchi furono incorporati nella struttura amministrativa, ricoprendo posizioni chiave nei 12 sangiaccati dell'Egitto.Sotto il sultano Solimano il Magnifico, furono istituiti il ​​divano maggiore e il divano minore per assistere il pascià, con rappresentanza dell'esercito e delle autorità religiose.Selim stabilì sei reggimenti per la protezione dell'Egitto, ai quali Solimano ne aggiunse un settimo.^[98]L'amministrazione ottomana cambiava spesso il governatore egiziano, spesso ogni anno.Un governatore, Hain Ahmed Pasha, tentò di stabilire l'indipendenza ma fu ostacolato e giustiziato.^[98] Nel 1527, in Egitto fu condotta un'indagine fondiaria, classificando i terreni in quattro tipi: dominio del sultano, feudi, terreni di manutenzione militare e terreni di fondazione religiosa.Questa indagine fu attuata nel 1605. ^[98]Il XVII secolo in Egitto fu caratterizzato da ammutinamenti e conflitti militari, spesso dovuti a tentativi di frenare le estorsioni da parte delle truppe.Nel 1609, un conflitto significativo portò all'ingresso trionfante di Kara Mehmed Pasha al Cairo, seguito da riforme finanziarie.^[98] Durante questo periodo, i bey mamelucchi locali acquisirono il dominio nell'amministrazione egiziana, spesso ricoprendo posizioni militari e sfidando i governatori nominati dagli ottomani.^[99] L'esercito egiziano, con forti legami locali, spesso influenzava la nomina dei governatori e aveva un controllo sostanziale sull'amministrazione.^[100]Il secolo vide anche l'ascesa di due fazioni influenti in Egitto: i Faqari, legati alla cavalleria ottomana, e i Qasimi, associati alle truppe native egiziane.Queste fazioni, simboleggiate dai loro colori e simboli distinti, influenzarono in modo significativo il governo e la politica dell'Egitto ottomano.^[101]