I greci del periodo classico credevano che, nell'età oscura che seguì il crollo della civiltà micenea, un numero significativo di greci fuggirono ed emigrarono in Asia Minore e vi si stabilirono.Questi coloni provenivano da tre gruppi tribali: gli Eoli, i Dori e gli Ioni.Gli Ioni si erano stabiliti lungo le coste della Lidia e della Caria, fondando le dodici città che componevano la Ionia.Le città della Ionia rimasero indipendenti finché non furono conquistate dai Lidi dell'Asia Minore occidentale.Il principe persiano Ciro guidò una ribellione contro l'ultimo re medio Astiage nel 553 a.C.Mentre combatteva i Lidi, Ciro aveva inviato messaggi agli Ioni chiedendo loro di ribellarsi contro il dominio della Lidia, cosa che gli Ioni si erano rifiutati di fare.Dopo che Ciro ebbe terminato la conquista della Lidia, le città ioniche si offrirono ora di essere suoi sudditi alle stesse condizioni in cui erano state suddite di Creso.Ciro rifiutò, citando la riluttanza degli Ioni ad aiutarlo in precedenza.Gli Ioni si prepararono così a difendersi e Ciro inviò il generale medio Arpago a conquistarli.Negli anni successivi alla conquista, i Persiani trovarono difficile governare gli Ioni.I persiani decisero quindi di sponsorizzare un tiranno in ogni città ionica, anche se questo li portò nei conflitti interni degli Ioni.Alla vigilia delle guerre greco-persiane è probabile che la popolazione ionica fosse diventata scontenta e pronta alla ribellione.