L'amministrazione Kennedy ha continuato a cercare modi per estromettere Castro dopo l'invasione della Baia dei Porci, sperimentando vari modi per facilitare segretamente il rovesciamento del governo cubano.Speranze significative furono riposte nel programma di attacchi terroristici e altre operazioni di destabilizzazione note come Operazione Mongoose, ideate sotto l'amministrazione Kennedy nel 1961. Krusciov venne a conoscenza del progetto nel febbraio 1962 e in risposta furono intrapresi i preparativi per installare missili nucleari sovietici a Cuba.Allarmato, Kennedy considerò varie reazioni.Alla fine ha risposto all'installazione di missili nucleari a Cuba con un blocco navale e ha presentato un ultimatum all'Unione Sovietica .Krusciov si ritirò da uno scontro e l'Unione Sovietica rimosse i missili in cambio di un impegno pubblico americano a non invadere nuovamente Cuba, nonché di un accordo segreto per rimuovere i missili statunitensi dalla Turchia.Castro in seguito ammise che "avrei acconsentito all'uso di armi nucleari ... davamo per scontato che sarebbe diventata comunque una guerra nucleare e che saremmo scomparsi".La crisi dei missili cubani (ottobre-novembre 1962) ha portato il mondo più vicino che mai alla guerra nucleare.Le conseguenze della crisi portarono ai primi sforzi nella corsa agli armamenti nucleari per il disarmo nucleare e il miglioramento delle relazioni, sebbene il primo accordo sul controllo degli armamenti della Guerra Fredda, il Trattato Antartico, fosse entrato in vigore nel 1961.Nel 1964, i colleghi del Cremlino di Krusciov riuscirono a estrometterlo, ma gli permisero un ritiro pacifico.Accusato di maleducazione e incompetenza, John Lewis Gaddis sostiene che Krusciov è stato anche accreditato di aver rovinato l'agricoltura sovietica, portando il mondo sull'orlo di una guerra nucleare e che Krusciov era diventato un "imbarazzo internazionale" quando ha autorizzato la costruzione del muro di Berlino.